用在轉(zhuǎn)錄組RPKM計(jì)算上1載入GTF文件 2通過exonsBy獲取每個(gè)gene上的所有外顯子的起始位點(diǎn)和終止位點(diǎn)，然后用reduce去除掉重疊冗...
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計(jì)算基因長(zhǎng)度
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提取基因長(zhǎng)度genelength
# 下載gtf：選擇的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下載地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/releas...
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6、無重復(fù)差異基因分析（edgeR包的使用）1）簡(jiǎn)介 edgeR作用對(duì)象是count文件，rows 代表基因，行代表文庫(kù)，count代表的是比對(duì)到每個(gè)基因的reads數(shù)目。它主要關(guān)注的是差...
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【RNA-seq自學(xué)06】樣品分析之序列比對(duì)STAR安裝 conda install STAR 建立索引 STAR--runThreadN6\--runModegenomeGenerate\#工作...
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5、RNAseq(5)--reads count(htseq-count)與基因注釋（bioMart）理論基礎(chǔ) 在上篇的比對(duì)中，我們需要糾結(jié)是否真的需要比對(duì)，如果你只需要知道已知基因的表達(dá)情況，那么可以選擇alignment-free工具（例如s...
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4、RNAseq(4)--Hisat2進(jìn)行序列比對(duì)及Samtools格式轉(zhuǎn)化概況：使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對(duì)，確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對(duì)采取的方案不同。分別是ungappe...
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3、RNAseq(3)--對(duì)RNAseq測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制（fastqc）質(zhì)量匯報(bào)生成與讀取 fastq質(zhì)量匯報(bào) 使用命令fastqc -o 來進(jìn)行質(zhì)量報(bào)告。 需要注意的是./fastqc前面的"."不可以省略 ...
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1、RNAseq (1) 生信分析軟件安裝—conda的安裝與使用conda簡(jiǎn)介 Conda 是一個(gè)開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴關(guān)系，并在它們之間輕松切換。 Conda ...
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2、RNAseq(2)--測(cè)序原始數(shù)據(jù)處理（Clean data）1、fastq文件 一般我們從公司里得到的原始測(cè)序數(shù)據(jù)都是屬于fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫，于是首先第一步是對(duì)這些壓縮格式...
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