2020-12-22寫在前面的話：第一次做微生物實(shí)驗(yàn)，嘗試各種分析，踩了不少坑，雖然現(xiàn)在picrust1大有被Tax4Fun或其他功能預(yù)測(cè)方法代...
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picrust1脫坑
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vegan包計(jì)算PCA結(jié)果解讀inertial：可以是變量總方差（基于協(xié)方差矩陣的pca分析），也可以是變量自相關(guān)系數(shù)總和，等于變量數(shù)量。 ·Scaling（標(biāo)尺）：請(qǐng)不要與...
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物種數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換轉(zhuǎn)換思想 接觸到16s微生物測(cè)序數(shù)據(jù)的分析，微生物公司給的分析方法是先進(jìn)行l(wèi)og1p轉(zhuǎn)換，參考Borcard et., al 老爺子的說法，還是...
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beta多樣性分析方法選擇如果環(huán)境因子會(huì)導(dǎo)致微生物種類發(fā)生較大變化，可以考慮選用Jaccard和Unweighted UniFrac，而如果環(huán)境因子僅僅改變微生物豐度的話...
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qiime中OUTs聚類的三種方法1、de novo OTU 聚類，是將所有序列直接按照兩兩之間的相似度，劃分成一個(gè)個(gè)OTU，選取該OTU中豐度最高的序列作為該OTU的代表序列，...
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什么是嵌合體？在PCR反應(yīng)中，在延伸階段由于不完全延伸，就會(huì)導(dǎo)致嵌合體序列的出現(xiàn)。如下圖所示：在擴(kuò)增序列Template1的過程中，在序列延伸階段，只產(chǎn)生了部...
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什么是barcode?什么是index?barcode和index是同一段核苷酸序列的稱呼。 微生物測(cè)序量很少，一般4M reads就就可以了，但是對(duì)于高通量測(cè)序儀來說一條lane能出...
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vim自學(xué)筆記打開和保存 進(jìn)入插入模式 快速定位命令 粘貼和復(fù)制命令 替換命令 直接在簡(jiǎn)單模式重替換，可以配合數(shù)字對(duì)多個(gè)字符同時(shí)替換； 進(jìn)入替換模式，屏幕左下...
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QIIME1-實(shí)操入坑手冊(cè)1. 安裝虛擬機(jī)及QIIME1 QIIME1官網(wǎng)[https://www.qiime.org] 2. 虛擬機(jī)增強(qiáng)功能及共享文件夾 簡(jiǎn)單，百度都有...
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