一、壓縮和解壓縮 1.“.tar.gz”結(jié)尾的文件: tar tar -cf newfile.tar file1 file2#將file1，fi...
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生信Linux常用命令（更新中）
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GTF處理腳本 - GTFtoolsGTFtools：一個靈活而強大的GTF文件處理工具 GTFtools是一款用Python編寫的命令行工具，專門用于處理基因轉(zhuǎn)錄格式（GTF）文...
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conda環(huán)境升級gcc版本
去別的環(huán)境下面連接13.1.0的gcc到本環(huán)境bin目錄下 安裝maker 網(wǎng)上說cmake的時候報錯：cc: fatal error: can...
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檢測snp和InDel的工具：snippy~可用于檢測兩條fasta序列之間的變異生成vcf格式文件這個軟件的github主頁 https://github.com/tseemann/snippy[https://github.com/tsee...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線工具Idiog...
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2023-01-09 用GenomicFeatures包計算基因長度本文包括內(nèi)容： 1. 基因長度定義 非冗余外顯子(EXON)長度之和;挑選基因的最長轉(zhuǎn)錄本 ;選取多個轉(zhuǎn)錄本長度的平均值;非冗余 CDS 長度之...
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linux三劍客(grep、sed、awk)基本使用
鏡像下載、域名解析、時間同步請點擊 阿里云開源鏡像站[https://developer.aliyun.com/mirror/?utm_cont...
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SRAtoolkits: fastq-dump
將下載的SRA文件轉(zhuǎn)換成fastq或者fasta文件 1. 普通雙端拆分 fastq-dump --split-files filename.s...
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22. 三劍客之a(chǎn)wk1. AWK基礎(chǔ) 1.1 AWK工作原理和基本用法說明 AWK：Aho, Weinberger, Kernighan，報告生成器，格式化文本輸出...
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生物信息學中常用的linux命令（三）
ps top jobs kill history 查詢該節(jié)點上執(zhí)行過的歷史命令 nohup 加到命令前使得該命令在用戶退出登錄后也能繼續(xù)執(zhí)行，一...
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