關(guān)于原理部分和更詳細(xì)的介紹,見HiC-Pro: Hi-C數(shù)據(jù)預(yù)處理高效工具[http://www.itdecent.cn/p/40ab8cb3...
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關(guān)于原理部分和更詳細(xì)的介紹,見HiC-Pro: Hi-C數(shù)據(jù)預(yù)處理高效工具[http://www.itdecent.cn/p/40ab8cb3...
基于Hi-C數(shù)據(jù)的深層挖掘和多組學(xué)聯(lián)合分析已經(jīng)成為了三維基因組領(lǐng)域的重要組成部分。而工欲善其事必先利其器,夯實(shí)基礎(chǔ)方能壘砌高臺(tái)。染色質(zhì)構(gòu)象各個(gè)層...
Juicer的輸出文件: merged_nodups.txt read1的FLAG,對(duì)應(yīng)SAM的第二列,F(xiàn)LAG read1比對(duì)的contig,...
1. 技術(shù)原理 基因組研究的維度可以分為很多種,例如下圖所示 其中Hi-C是研究三維結(jié)構(gòu)的一種方法。Hi-C技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲(Chromo...
從 .hic 文件提取數(shù)據(jù) 此功能由 Juicebox tools 的 dump 命令完成。https://github.com/aidenla...
寫在前面 上一章我們得到了 .hic文件,從上圖我們清楚的看出可以利用 juicer tools 對(duì).hic 文件進(jìn)行feature annot...
參考: [1]. Durand, N.C., et al., Juicer Provides a One-Click System for...
基因組組裝 基因組是怎么組裝的,目前的方法有什么局限性?為什么要進(jìn)行基因組組裝?是因?yàn)槟壳暗臏y(cè)序方法,無論是一代、二代、三代都是借助于全基因組鳥...
作者:ahworld鏈接:Hi-C數(shù)據(jù)質(zhì)控原理來源:微信公眾號(hào)-seqyuan著作權(quán)歸作者所有,任何形式的轉(zhuǎn)載都請(qǐng)聯(lián)系作者。 Hi-C數(shù)據(jù)質(zhì)控原...
15年3月發(fā)表的一篇高引文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4542312/ Cite...