前言 說(shuō)到對(duì)單細(xì)胞亞群進(jìn)行定義，那對(duì)很多分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的小伙伴來(lái)說(shuō)都是最頭疼的事情之一了。因?yàn)槎x細(xì)胞的正確與否直接關(guān)系到后續(xù)分析所有結(jié)果的準(zhǔn)確...
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Sincast：利用bulk RNAseq定義細(xì)胞功能亞群 -
轉(zhuǎn)錄組丨limma差異表達(dá)分析，繪制火山圖和熱圖
limma差異表達(dá)分析 本篇筆記的內(nèi)容是在R語(yǔ)言中利用limma包進(jìn)行差異表達(dá)分析，主要針對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行下游分析，并將分析結(jié)...
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全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析（TWAS）全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）已經(jīng)確定了數(shù)千種與許多復(fù)雜特征相關(guān)的遺傳變異。然而，它們的生物學(xué)機(jī)制在很大程度上仍然是未知的。最近提出的全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)...
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【miRNA-Seq 實(shí)戰(zhàn)】一、數(shù)據(jù)庫(kù)探索，miRNA芯片數(shù)據(jù)分析，miRNA-Seq流程認(rèn)知這里是佳奧！新的篇章！ 我們先從背景知識(shí)開(kāi)始。 1 miRBase探索 miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)收錄miRNA序列： 在download目錄可下載：...
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「用一個(gè)更復(fù)雜的例子，來(lái)深入學(xué)習(xí)DESeq2差異表達(dá)分析后的小分析」這篇文章，對(duì)Griffith Lab[https://genviz.org/module-04-expression/0004/02/01/Di...
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基于R語(yǔ)言繪制Network幾種方式平時(shí)對(duì)于網(wǎng)絡(luò)圖的繪制，一般我們都會(huì)在R中生成邊和點(diǎn)列表后導(dǎo)入到Cytoscape和Gephi等的本地工具軟件當(dāng)中，而R語(yǔ)言中也自帶有不少優(yōu)秀的包...
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MonaGO：一款新穎的交互式富集分析web工具
Monash Gene Ontology (MonaGO) 是一種新穎的基于 Web 的可視化系統(tǒng)，它提供了一個(gè)直觀、交互式和響應(yīng)式的界面，用于...
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R語(yǔ)言ggplot2做柱形圖展示富集分析的結(jié)果做完轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)或者其他的一些分析拿到一些基因名稱之后下一步通常是做一些注釋，比如GO或者KEGG的注釋，注釋好以后通常是富集分析。如果是研究...
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RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)前幾天，幫師妹分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，由于她只需要FPKM，并且我剛好在學(xué)snakemake，就試著用 snakemake 寫了一個(gè)簡(jiǎn)單的從 raw d...
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小鬼的WGCNA圖文詳解(一)--軟閾值最近有很多人在給他們做完了WGCNA分析之后，跑過(guò)來(lái)問(wèn)結(jié)果中各種圖片的意思。我就整理一下WGCNA分析結(jié)果中常見(jiàn)圖片的含義吧，如有理解錯(cuò)誤，還請(qǐng)...
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