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R語言繪制組間比較散點(diǎn)圖并自動(dòng)添加P值信息
查詢ggprism包使用時(shí)候發(fā)現(xiàn)官網(wǎng)給出的一示例圖比較常用，這里記錄學(xué)習(xí)一下。 加載R包準(zhǔn)備數(shù)據(jù) 注意兩個(gè)細(xì)節(jié)： tools::toTitleC...
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利用abbrevr包批量輸出期刊縮寫有時(shí)候用endnote導(dǎo)入文獻(xiàn)后顯示的是期刊全稱，而用到縮寫時(shí)候就需要去一些網(wǎng)站上一個(gè)個(gè)搜索，比如CASSI[https://cassi.cas...
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利用massdatabase包提取物種KEGG通路與基因/化合物對(duì)應(yīng)信息
最近手頭處理一批代謝組數(shù)據(jù), 想基于幾十個(gè)關(guān)鍵差異代謝物代謝物進(jìn)行下KEGG富集，能想到有兩種方式解決，一種常用方式就是基于MetaboAnal...
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基于GO-Figure快速繪制GO富集氣泡圖
GO-Figure! 是一個(gè)基于pyhton寫的GO富集小軟件，方便我們拿到富集結(jié)果后直接使用命令行的形式進(jìn)行可視化，繪制出具有靈活性、可重復(fù)性...
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一個(gè)輕量級(jí)繪制熱圖的R包-HeatmapR
目前R中繪制熱圖的方式有很多，常用的如pheatmap、ComplexHeatmap包等，這里再給大家介紹一個(gè)輕量級(jí)的R包-HeatmapR包，...
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分級(jí)KEGG富集pathway圖繪制最近在基迪奧平臺(tái)上看到了這張KEGG富集信息圖，剛好手頭有批現(xiàn)成的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，剛好繪制一下給富集圖換換風(fēng)格~~image.png 準(zhǔn)備輸入文件 ...
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學(xué)會(huì)這三個(gè)包，搞定R中的正則天下苦正則久矣，尤其當(dāng)字符串中有自己想要的一段數(shù)據(jù)時(shí)候苦苦提取不出來的感覺真是難受，今天給大家介紹3個(gè)R包來解決這種正則帶來煩惱的包，希望對(duì)大家...
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SFINX: 一個(gè)基于Shiny部署的鑒定蛋白互作關(guān)系平臺(tái)
目前研究蛋白質(zhì)互作方法有很多，傳統(tǒng)的方法是將天然蛋白免疫沉淀與質(zhì)譜檢測(cè)結(jié)合(CoIP-MS)，另外流行的還有親和純化/質(zhì)譜法(AP-MS)，與C...
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Robust火山圖：一種含離群值的代謝組數(shù)據(jù)差異分析方法
代謝組學(xué)中差異代謝物的識(shí)別仍然是一個(gè)巨大的挑戰(zhàn)，并在代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析中發(fā)揮著突出的作用。由于分析、實(shí)驗(yàn)和生物的模糊性，代謝組學(xué)數(shù)據(jù)集經(jīng)常包含異常...
個(gè)人介紹
中農(nóng)在讀博士，歡迎關(guān)注個(gè)人公號(hào)【BioparaMeta】一起學(xué)習(xí)、交流