目前研究蛋白質(zhì)互作方法有很多，傳統(tǒng)的方法是將天然蛋白免疫沉淀與質(zhì)譜檢測(cè)結(jié)合(CoIP-MS)，另外流行的還有親和純化/質(zhì)譜法(AP-MS)，與CO-IP類似，它使用感興趣的誘餌蛋白(bait proteins)上的表位標(biāo)簽和捕獲探針來(lái)識(shí)別協(xié)同的獵物蛋白，不需要為每個(gè)新的誘餌蛋白購(gòu)買或者開(kāi)發(fā)特定抗體，得到的融合蛋白可以用鏈霉親和素（strep）磁珠來(lái)親和純化，用生物素洗脫最終得到蛋白復(fù)合物。
優(yōu)勢(shì)：
AP/MS技術(shù)得到的互作蛋白是在細(xì)胞內(nèi)與誘餌蛋白結(jié)合的，符合體內(nèi)真實(shí)生理情況，得到的結(jié)果可信度高。
不像COIP采用抗體拉取蛋白復(fù)合物，可以有效的避免抗體的污染；得到的洗脫液可以直接做溶液酶解和質(zhì)譜，大大減少了跑膠引起的蛋白損失。
這里介紹一個(gè)基于R語(yǔ)言Shiny部署的在線蛋白互作分析平臺(tái)SFINX, 網(wǎng)絡(luò)可視化部分利用之前介紹過(guò)的networkD3包。
使用
Info部分提供了詳細(xì)的用戶使用說(shuō)明（主要有5部分）：
- Data Input（輸入框頁(yè)面介紹）
- Example of "Basic data" file (基本的文件輸入格式)
- Immediately after input of data（篩選過(guò)濾后的互作表格）
Data input inadvanced SFINX (高級(jí)分析，參數(shù)更多)
Imediately after input od data in advanced SFINX
具體信息直接去網(wǎng)站上看即可
實(shí)戰(zhàn)
這里找到課題組老師17年一篇NC上的主圖，用的即使這種方式繪制的圖形，附件中也提供了數(shù)據(jù)分析的輸入文件，我們用來(lái)實(shí)操一下。
需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件
- 蛋白組結(jié)果文件 Basic data(各樣本肽段數(shù)) ：
- Bait indentities（誘餌蛋白列表）：
點(diǎn)擊Analysis界面，分別上傳兩個(gè)數(shù)據(jù)，右側(cè)Filtered interactions 界面即可顯示出誘餌蛋白與捕獲蛋白直接的作用系數(shù)以及Pvalue
Distribution顯示SFINX score的分布
點(diǎn)擊Network即可看到蛋白互作網(wǎng)絡(luò)，深藍(lán)色填充的節(jié)點(diǎn)即為我們的誘餌蛋白。
其實(shí)SFINX除了處理AP/MS這類數(shù)據(jù)之外，該方法理論上也適用于一些普通蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)中，若已經(jīng)有一些關(guān)鍵蛋白想找尋其它互作蛋白時(shí)，除了利用常規(guī)的String數(shù)據(jù)庫(kù)根據(jù)先驗(yàn)信息獲取外，此方法也是一種不錯(cuò)的選擇~
參考文獻(xiàn)
SFINX: straightforward filtering index for affinity purification-mass spectrometry data analysis. J Proteome Res (2015) Titeca, K. et al.
A conserved ankyrin repeat-containing protein regulates conoid stability, motility and cell invasion in Toxoplasma gondii Nature Communications （2017） Long.et al.
