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R語言繪制組間比較散點(diǎn)圖并自動(dòng)添加P值信息
查詢ggprism包使用時(shí)候發(fā)現(xiàn)官網(wǎng)給出的一示例圖比較常用，這里記錄學(xué)習(xí)一下。 加載R包準(zhǔn)備數(shù)據(jù) 注意兩個(gè)細(xì)節(jié)： tools::toTitleCase可以替換字符中每個(gè)單詞的...
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利用abbrevr包批量輸出期刊縮寫有時(shí)候用endnote導(dǎo)入文獻(xiàn)后顯示的是期刊全稱，而用到縮寫時(shí)候就需要去一些網(wǎng)站上一個(gè)個(gè)搜索，比如CASSI[https://cassi.cas.org/search.jsp...
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利用massdatabase包提取物種KEGG通路與基因/化合物對(duì)應(yīng)信息
最近手頭處理一批代謝組數(shù)據(jù), 想基于幾十個(gè)關(guān)鍵差異代謝物代謝物進(jìn)行下KEGG富集，能想到有兩種方式解決，一種常用方式就是基于MetaboAnalyst在線富集，另一種就是解析...
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基于GO-Figure快速繪制GO富集氣泡圖
GO-Figure! 是一個(gè)基于pyhton寫的GO富集小軟件，方便我們拿到富集結(jié)果后直接使用命令行的形式進(jìn)行可視化，繪制出具有靈活性、可重復(fù)性的圖形，且可基于最新的GO數(shù)據(jù)...
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@小橘子_5e3b 是的 這里應(yīng)該降低fc 已更正
談?wù)勣D(zhuǎn)錄組測(cè)序基礎(chǔ)知識(shí)及常見問題
轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科，從RNA水平研究基因的表達(dá)情況。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過二代測(cè)序平臺(tái)快速...
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@0d245faae0a2 感謝指正
宏基因組之物種注釋（基于nr庫）
昨天下午搗鼓了一下宏基因組物種注釋過程(基于nr庫)，現(xiàn)在將整個(gè)流程記錄一下。軟件需求：blast，diamond，taxonkit(安裝自行百度) 構(gòu)建細(xì)菌子庫 blast...
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一個(gè)輕量級(jí)繪制熱圖的R包-HeatmapR
目前R中繪制熱圖的方式有很多，常用的如pheatmap、ComplexHeatmap包等，這里再給大家介紹一個(gè)輕量級(jí)的R包-HeatmapR包，即無需過多的前期數(shù)據(jù)處理，可同...
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突然發(fā)現(xiàn)一篇適合了解CRISPR-Cas9的中文綜述文章題目：CRISPR/Cas9全基因組篩選在生命科學(xué)中的應(yīng)用 文章鏈接：http://www.lifescience.net.cn/html/201809/20180911...
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分級(jí)KEGG富集pathway圖繪制最近在基迪奧平臺(tái)上看到了這張KEGG富集信息圖，剛好手頭有批現(xiàn)成的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，剛好繪制一下給富集圖換換風(fēng)格~~image.png 準(zhǔn)備輸入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...
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基因家族分析 | 基因家族成員鑒定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鑒定方法 1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)①下載擬南芥基因組fasta文件、注釋文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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學(xué)會(huì)這三個(gè)包，搞定R中的正則天下苦正則久矣，尤其當(dāng)字符串中有自己想要的一段數(shù)據(jù)時(shí)候苦苦提取不出來的感覺真是難受，今天給大家介紹3個(gè)R包來解決這種正則帶來煩惱的包，希望對(duì)大家能有所幫助。 regexpla...
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檢查ID格式是否按照要求
DiVenn一款用于比較基因列表的交互式Venn圖繪制工具
Divenn一種基于網(wǎng)絡(luò)的基于Web的工具 Divenn 可以將來自多個(gè)RNA-seq實(shí)驗(yàn)中的基因列表進(jìn)行比較，并顯示每個(gè)基因(集)的調(diào)控水平和整合到Kegg pathway...
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https://mp.weixin.qq.com/s/WvwaE7lb8neqHTX7QGfR2Q 介紹過兩個(gè)工具 rename功能了解下
宏基因組之基因組裝
背景 宏基因組組裝，即把短的reads拼裝成連續(xù)的序列contig，再根據(jù)PE等關(guān)系將contig拼裝成scaffold。與單個(gè)基因組組裝不同，宏基因組組裝最終得到的是環(huán)境樣...
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SFINX: 一個(gè)基于Shiny部署的鑒定蛋白互作關(guān)系平臺(tái)
目前研究蛋白質(zhì)互作方法有很多，傳統(tǒng)的方法是將天然蛋白免疫沉淀與質(zhì)譜檢測(cè)結(jié)合(CoIP-MS)，另外流行的還有親和純化/質(zhì)譜法(AP-MS)，與CO-IP類似，它使用感興趣的誘...
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Robust火山圖：一種含離群值的代謝組數(shù)據(jù)差異分析方法
代謝組學(xué)中差異代謝物的識(shí)別仍然是一個(gè)巨大的挑戰(zhàn)，并在代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析中發(fā)揮著突出的作用。由于分析、實(shí)驗(yàn)和生物的模糊性，代謝組學(xué)數(shù)據(jù)集經(jīng)常包含異常值，但目前可用的差異代謝物識(shí)別...
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GSEA會(huì)用了，來了解下DGSEA？
差異基因集富集分析(DGSEA)是對(duì)Broad Institute / MIT的原始的Gene Set Enrichment Aanlysis（GSEA）分析算法的改進(jìn)。它是...
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MonaGO：一款新穎的交互式富集分析web工具
Monash Gene Ontology (MonaGO) 是一種新穎的基于 Web 的可視化系統(tǒng)，它提供了一個(gè)直觀、交互式和響應(yīng)式的界面，用于執(zhí)行 GO 富集分析和可視化結(jié)...
個(gè)人介紹
中農(nóng)在讀博士，歡迎關(guān)注個(gè)人公號(hào)【BioparaMeta】一起學(xué)習(xí)、交流