介紹 一致性聚類是一種為確定數(shù)據(jù)集中可能的聚類的數(shù)量和成員提供定量證據(jù)的方法，例如作為微陣列基因表達。這種方法在癌癥基因組學中得到了廣泛應用，在...
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一致性聚類ConsensusClusterPlus -
可視化文章集錦(套路、配色、編輯、在線工具、R、CIRCOS、Cytoscape)
數(shù)據(jù)可視化是解析、理解和展示數(shù)據(jù)不可缺少的一部分。炫或不炫看個人喜好和功底，能否達意是最基本的要求---最合適的圖示和配色表達最直觀的含義。 本...
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定量蛋白組生信分析主要來源于諾禾公司文件學習筆記，略有修改，侵權刪！ 1）蛋白功能注釋 目前提供注釋的通用功能數(shù)據(jù)庫主要有 GO、KEGG、COG 等。通過利用這...
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TCGA視頻課程筆記（上）TCGA-101-課程介紹-需要哪些背景知識 基于TCGA28篇教程 掌握以下基礎知識： 概念、研究范圍、數(shù)據(jù)來源、數(shù)據(jù)存儲、數(shù)據(jù)格式、癌癥相關...
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通過整合生物信息學分析辨認TNBC的重要基因和通路部分代碼見：http://www.itdecent.cn/p/3553220509d7原文名稱：Identification of Key G...
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基因家族分析 | 基因家族成員鑒定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鑒定方法 1.準備數(shù)據(jù)①下載擬南芥基因組fasta文件、注釋文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensembl...
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多重檢驗的目的和方法
目的： 多次檢驗導致的大量假陽性1. 如果是小概率事件（< 5%），我們就拋棄了最初的美好假設（H0：沒有差異），認為觀測的和預期不一樣（接受H...
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WGCNA典型文章解析及視頻教程WGCNA其譯為加權基因共表達網(wǎng)絡分析。該分析方法旨在尋找協(xié)同表達的基因模塊(module)，并探索基因網(wǎng)絡與關注的表型之間的關聯(lián)，以及網(wǎng)絡中的...
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典型醫(yī)學設計實驗GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - 數(shù)據(jù)獲取到標準化GEO是當今最大、最全的公共基因數(shù)據(jù)資源庫，包括基因的表達、突變、修飾等信息，涵蓋幾乎所有的疾病，且單個實驗檢測樣品數(shù)目較多，是我們分析、學習的...
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從CNV到FPKMCreate: 2019-03-14 在看CONTRA的腳本，了解CNV分析方法，順帶查找一下其他的CNV分析軟件，就看到了FishingCNV...
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