現(xiàn)在的社會(huì)正處于大數(shù)據(jù)時(shí)代，生物學(xué)研究領(lǐng)域也迎來了大組學(xué)時(shí)代。無論是植物。動(dòng)物，還是微生物，都有許多物種被測(cè)序。在后續(xù)的個(gè)性化分析過程中，通常會(huì)...
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GO富集可視化：clusterProfiler+GOplot -
使用wgd進(jìn)行全基因組復(fù)制分析這篇教程是我在2019年9月左右分析WGD時(shí)的筆記。目前來看，背景介紹和軟件使用說明都基本沒啥問題。但是現(xiàn)在更建議大家使用wgdi進(jìn)行比較基因組...
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統(tǒng)計(jì)測(cè)序結(jié)果中比對(duì)到基因不同部分（如UTR,Exon,Intron...）情況
### Qualimap .... ###GenomicFeatures (R包) GenomicFeatures ### RSeQC http...
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GSEA學(xué)習(xí)筆記春節(jié)后的第一次寫學(xué)習(xí)筆記，還是要提醒大家沒事別聚集、別聚集、別聚集！重要的事情說三遍！ 前幾天看到公眾號(hào)里寫了GSEA的文章，雖然我之前跟著很多...
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R包——Mutational Pattern介紹 背景介紹 細(xì)胞的基因組不斷受到內(nèi)源性和環(huán)境性dna損傷的威脅，例如紫外線和自發(fā)反應(yīng)。為了維護(hù)它們的基因組完整性，細(xì)胞利用各種機(jī)制修復(fù)受損的...
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基因家族分析1 介紹 · 基因家族（Gene family），是來源于同一個(gè)祖先，由一個(gè)基因通過基因復(fù)制或者加 倍而產(chǎn)生兩個(gè)或更多的拷貝而構(gòu)成的一組基因，它...
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SNP功能注釋網(wǎng)站合集這篇文章是對(duì)SNP位點(diǎn)功能注釋在線網(wǎng)站的一個(gè)總結(jié)帖。 軟件排名不分先后，優(yōu)先順序可以看推薦指數(shù)。 彩蛋在最后，請(qǐng)堅(jiān)持看完 1、GWAS4D, 推...
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簡(jiǎn)單易懂的在線網(wǎng)站datamonkey：支系、基因、位點(diǎn)的選擇壓力檢測(cè)
歡迎來到"bio生物信息"的世界 今天，為大家?guī)硪粋€(gè)在線網(wǎng)站datamonkey，可以同時(shí)檢測(cè)支系、基因、位點(diǎn)的選擇壓力。 datamonke...
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從fastq數(shù)據(jù)到SNV | GATK
00 寫在前面 僅針對(duì)人類WGS或WES數(shù)據(jù)，供參考。時(shí)間管理某一點(diǎn)：能自動(dòng)化的工作盡量自動(dòng)化，不要時(shí)間用在毫無意義的重復(fù)上。腦袋好比肌肉，需要...
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gatk4 mutect2 分析somatic突變第一步：創(chuàng)建normal樣品的PoN（Create a sites-only PoN with CreateSomaticPanelOfNorm...
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