這是目前為止我看到過(guò)的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個(gè)公眾號(hào)也翻譯了這篇文章，而且正好跟我...
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology) -
Omni-ATAC文獻(xiàn)速讀
目前市面上的公司做ATAC-seq基本上采用的都是Omni-ATAC這套Protocal，穩(wěn)定性比較好。 文獻(xiàn)信息 An Improved AT...
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優(yōu)化ATAC-seq: Omni-ATAC文章題為：An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interr...
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bedGraph，bed以及bam文件格式轉(zhuǎn)換
感興趣的基因信息包含在bedGraph文件中，下面命令是對(duì)其文件格式進(jìn)行轉(zhuǎn)換，一般進(jìn)行到bam文件可視化的效果比較好。 1. bedGraph轉(zhuǎn)...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開(kāi)發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase...
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高通量測(cè)序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（四）：DeepTools學(xué)習(xí)筆記前言 開(kāi)題啦，所以需要整合自己之前處理過(guò)的數(shù)據(jù)包括可視化作圖，在GALAXY上翻到DeepTools正好有著一點(diǎn)用處，適當(dāng)?shù)母懔艘徊ㄊ虑?，順帶?..
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如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù)如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) 總體介紹 deeptools是基于Python開(kāi)發(fā)的一套工具，用于處理諸如RNA-seq, ChIP-...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-5.1: ngs.plot 可視化ChIP-Seq 數(shù)據(jù)ngs.plot 主要用于可視化基因組功能區(qū)域的高通量測(cè)序結(jié)果。 #1. ngs.plot 優(yōu)點(diǎn) 已整理的注釋數(shù)據(jù)：17個(gè)物種(21套基因組)，...
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ChIP-seq基礎(chǔ)入門(mén)理解ChIP-Seq 到了目前這個(gè)水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時(shí)已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫(xiě)的問(wèn)題了。我更多要去考慮一個(gè)技術(shù)的目的和意義。 ...
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如何使用MACS進(jìn)行peak callingMACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 這是MACS2的主要功能，因?yàn)镸ACS2的目的就是找peak，其他功能...
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