比較基因組分析，首先需要選定要比較的物種，然后下載這些物種的基因組數(shù)據(jù)。 基因組數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備1.基因結(jié)構(gòu)注釋文件， gff/gtf格式2....
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比較基因組分析-數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
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動(dòng)物線粒體基因組注釋軟件MITOS2安裝與使用
MITOS2可用于注釋后生動(dòng)物以及真菌等線粒體基因組注釋，主要注釋線粒體18個(gè)核心基因（atp6 atp8 atp9 cob cox1 cox2...
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用R語(yǔ)言調(diào)整表格列的順序R語(yǔ)言里的數(shù)據(jù)框，約等于表格。比表格多一個(gè)要求就是一列只允許一種數(shù)據(jù)類型的存在。 需求 將數(shù)據(jù)框最后一列放到第一列的位置,形如： 方法一.bas...
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二代測(cè)序數(shù)據(jù)組裝二代數(shù)據(jù)組裝 構(gòu)建contig：將所有小片段打成K-mer構(gòu)建de Bruijn圖，然后會(huì)根據(jù)給定的參數(shù)對(duì)de Bruijn圖做一些化簡(jiǎn)，最后連...
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【非模式種轉(zhuǎn)錄組】一、上游分析Linux篇
這里是佳奧！經(jīng)歷了一個(gè)學(xué)期，做了幾遍轉(zhuǎn)錄組，感受頗深。 原理沒(méi)變，方法沒(méi)變，但是思維需要轉(zhuǎn)變，我們需要時(shí)刻保持清醒： 做自己的項(xiàng)目不再是機(jī)械的重...
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RNA-SEQ(七)：TBtools做GO富集分析及R中的可視化題目：對(duì)DEseq2差異分析得到的差異基因進(jìn)行GO富集。 目的：旨在對(duì)基因和蛋白質(zhì)功能進(jìn)行限定和描述的。 內(nèi)容：1. 下載GO注釋背景文件，準(zhǔn)備...
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Heatmap熱圖繪制 | 宇宙最強(qiáng)視頻教程，零基礎(chǔ)從入門到精通~TBtools 的熱圖功能與Circos圖功能類似，屬于我開(kāi)發(fā)繪圖引擎JIGplot時(shí)的副產(chǎn)品。但是呢，估摸著 TBtools 可能是目前濕實(shí)驗(yàn)...
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高效完成「區(qū)間取交集」界面化插件制作之chatGPT就是最強(qiáng)助攻！前兩日，收到了Qianghua小師弟投稿的新插件以及插件制作講解視頻。感覺(jué)很不錯(cuò)。 關(guān)于插件 BEDtools Intersect GUI Si...
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