通過單拷貝基因構建物種樹，一般有兩種方法： 1，Concatenation（串聯(lián)法）：將比對完成的單個單拷貝基因依次串聯(lián)成一個超級基因（supe...
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多個單基因進化樹整合成一個進化樹 -
2.數(shù)據分析 不如用巧工把它變容易唔看了文獻，拿到了數(shù)據，大體也明確了自己應該要做什么內容。而在開始寫作之前，論文實驗數(shù)據的處理是必不可少的。實證類論文需要先把實驗結果跑出來，調研...
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轉錄組組裝軟件：Trinity (轉載)原文：轉錄組組裝軟件：Trinity視頻參考：BroadE: Trinity - How it works和基因課的轉錄組原理的trinity原...
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群體遺傳 || 選擇壓力分析_基礎知識個人博客原文地址 基本原理 [站外圖片上傳中...(image-38780a-1577372733833)]原始群體中，遺傳多樣性是十分高的，整...
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[基因組工具]seqkit的使用
SeqKit的學習 --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺的、極快的，全面的fasta/q處理工具。SeqKit為所有的主流...
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Batch SMART 最強序列特征[結構域]預測軟件寫在前面 前天，在學位論文的完善中，有兩個疑似ERF成員始終令我困擾。植物轉錄因子中有個超家族AP2，包括兩個亞家族，一個也叫AP2，另一個叫E...
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學會正確選擇多序列比對（coding-sequences）軟件前幾天，實驗室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列...
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水稻GO和KEGG分析首先，一般我們分析水稻的數(shù)據時候，選用的是MSU和RAPDB這兩個數(shù)據庫的genome和gtf文件，這里只介紹MSU的ID，RAPDB的同理。 ...
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基因家族分析 | 預測基因家族收縮與擴張（orthofinder，cafe）
以下參照 hoptop的「基因組學」使用OrthoFinder進行直系同源基因分析這篇帖子試跑了一遍 1.軟件安裝 2.數(shù)據準備 下載「基因組學...
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「基因組學」使用CAFE進行基因家族擴張收縮分析環(huán)境準備 安裝軟件: 參考「基因組學」使用OrthoFinder進行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder，然后再安裝CAFE 數(shù)據準備...
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