首先，一般我們分析水稻的數(shù)據(jù)時候，選用的是MSU和RAPDB這兩個數(shù)據(jù)庫的genome和gtf文件，這里只介紹MSU的ID，RAPDB的同理。
水稻GO分析的網(wǎng)站很多（這里不涉及R包，只說一些典型的在線的）
1 AGRIGO2 http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ 支持多種ID，包括MSU
2 RIGW http://rice.hzau.edu.cn/cgi-bin/rice2/enrichment 只支持水稻的轉(zhuǎn)錄本ID，可做KEGG，個人覺得結(jié)果還可以
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3 PlantGSEA http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/analysis.php 只支持MSU ID
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4 PANTHER http://www.pantherdb.org/ 可視化比較漂亮的，也是本文所涉及的
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5 CARMO：http://bioinfo.sibs.ac.cn/carmo/result.php?job_id=1625924324108758969
只更新到 2015年，支持 LOC ID
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1、我們通過差異分析，得到一串像這樣的基因
i
但是PATHER支持的ID為
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所以我們需要將MSU ID轉(zhuǎn)換為 Uniprot ID，這里介紹一個在線網(wǎng)站PlantGSEA
niprot
轉(zhuǎn)換完成后，為以下這樣的結(jié)果，在EXCEL中將Uniprot ID復(fù)制出來即可
n
-2 進(jìn)入正片，將Uniprot ID粘貼到PANTHER中
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-3 出圖, 五個參數(shù)對應(yīng)的功能如字面意思，包括GO分析，蛋白功能注釋，Pathway分析
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我特別喜歡的一個小功能，就是可以將你感興趣的那個通路，“露出尖尖角”
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-4 當(dāng)然我們要選擇顯著性分析
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顯著性分析結(jié)果
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