參考學(xué)習(xí)資料：筆記視頻教程知識庫 首先安裝軟件 先安裝conda，使用清華的conda，說明書：https://mirrors.tuna.tsi...
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學(xué)習(xí)WES數(shù)據(jù)分析流程
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全基因組關(guān)聯(lián)分析學(xué)習(xí)資料（GWAS tutorial）
前言 很多人問我有沒有關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）原理的書籍或者文章推薦。 其實(shí)我個(gè)人覺得，做這個(gè)分析，先從跑流程開始，再去看原理。 為什么...
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VCF格式文件的shell小練習(xí)
前期準(zhǔn)備,生成vcf格式 1.把突變記錄的vcf文件區(qū)分成 INDEL和SNP條目 2.統(tǒng)計(jì)INDEL和SNP條目的各自的平均測序深度 3.把I...
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腫瘤突變負(fù)荷計(jì)算0.腫瘤突變負(fù)荷(TMB)[http://222.70.95.243:6893/files/TMB/TMB.html#%E8%82%BF%E7%...
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CNV變異分析策略介紹
CNV簡介： 拷貝數(shù)異常(copy number variations, CNVs)是屬于基因組結(jié)構(gòu)變異（structural variatio...
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circos 可視化手冊-highlights 篇
通過ideogram和ticks這兩個(gè)block, 我們能夠把全部的染色體信息繪制在circos 圖片中，但是染色體只是提供了一個(gè)基礎(chǔ)的坐標(biāo)系統(tǒng)...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個(gè)流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
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RNA-seq 檢測變異之 GATK 最佳實(shí)踐流程
tags： RNA-seq GATK STAR SNP INDEL RNA-seq 序列比對 對 RNA-seq 產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行變異檢測分析，與...
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腫瘤外顯子全流程notesPart0背景知識 Q：什么是外顯子測序呢？A：外顯子組測序是指利用序列捕獲或者靶向技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA富集后再進(jìn)行高通量測序的基因組...
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WGS全流程的學(xué)習(xí)筆記
Part1 數(shù)據(jù)下載 先去Korean Personal Genome Project下載了編號為KPGP-00001的數(shù)據(jù)。 先說一下KPG...
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