B站視頻地址：https://www.bilibili.com/video/av49363776?from=search&seid=177090...
投稿
收錄了22篇文章 · 28人關(guān)注
-
等了好久的B站TCGA筆記（1-2章） -
11 生存模型的C-index
現(xiàn)階段用的最多的是腫瘤患者預(yù)后模型的預(yù)測精度。 C-index，C指數(shù)即一致性指數(shù)（index of concordance），用來評價(jià)模型的預(yù)...
-
使用coxph 回歸和logrank test對TCGA數(shù)據(jù)做批量生存分析批量生存分析 使用 coxph 回歸方法 批量生存分析 使用 logrank test 方法 參考來源：生信技能樹 友情鏈接： 課程分享生信技...
-
GEO在學(xué)習(xí)-代碼GEO再學(xué)習(xí) GEO數(shù)據(jù)挖掘已經(jīng)成為生信學(xué)者必備技能,我以為自己會跑代碼了就是會了,其實(shí)呢,細(xì)細(xì)去領(lǐng)會每個(gè)細(xì)節(jié),還是會發(fā)現(xiàn)很多盲區(qū).聽了曉娟老師...
-
2018-09-30 如何理解survivalROC包的統(tǒng)計(jì)學(xué)原理生存分析中的ROC是怎么來的，ROC是對二分類資料的評價(jià)指標(biāo)，那對于生存資料呢？ 首先我們分析生存資料的特點(diǎn)：（1）包含有結(jié)局和時(shí)間兩個(gè)方面的信...
-
腫瘤免疫浸潤分析工具匯總-數(shù)據(jù)挖掘新高度
2018年腫瘤免都疫榮獲諾獎，成為一大熱點(diǎn)。咱有些小伙伴的數(shù)據(jù)庫挖掘卻一萬年停留在那些被玩壞了的套路上，比如像這樣做一個(gè)GEO的差異分析，就放上...
-
復(fù)現(xiàn)詳解：純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度一 . 從GEO數(shù)據(jù)庫中下載表達(dá)矩陣文件 GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_mat...
-
RNA-seq練習(xí) 第三部分（DEseq2篩選差異表達(dá)基因,可視化）DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart) DESeq2對于輸入數(shù)據(jù)的要求1.DEseq2要求輸入數(shù)據(jù)是由整數(shù)組成的矩陣。2.DESe...
-
TCGA視頻課程筆記（上）TCGA-101-課程介紹-需要哪些背景知識 基于TCGA28篇教程 掌握以下基礎(chǔ)知識： 概念、研究范圍、數(shù)據(jù)來源、數(shù)據(jù)存儲、數(shù)據(jù)格式、癌癥相關(guān)...
-
文獻(xiàn)推薦-基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析口腔鱗癌中的關(guān)鍵模塊和hub基因Application of weighted gene co-expression network analysis to identify ...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1816982/crop1567262996632.jpg', '推薦專題《TCGA data mining》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/513e62bc0d0d?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}