1 原理 詳細(xì)信息參見(jiàn)2013年的QTL-seq 文獻(xiàn)，這里只做簡(jiǎn)單介紹。 1.1 群體構(gòu)建 QTL-seq 將 BSA（bulked-segr...
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QTL-seq 分析原理及流程 -
水稻BSA之利用Mutmap快速進(jìn)行基因定位許多重要的農(nóng)藝性狀為數(shù)量性狀，由多個(gè)基因位點(diǎn)控制。利用傳統(tǒng)的分子標(biāo)記技術(shù)進(jìn)行基因定位，常常需要花費(fèi)較長(zhǎng)的時(shí)間和大量的人力物力。2012年日本巖手...
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重測(cè)序之BSA劉小澤寫(xiě)于18.7.18表型與基因型相關(guān)聯(lián)（基因定位）是遺傳學(xué)上的重要問(wèn)題。 什么是重測(cè)序Resequencing？ 我們使用的基因組是怎么來(lái)的...
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2. BSA的原理BSA（Bulked Segregant Analysis），集群分離分析或分離群體分組分析法。兩個(gè)特點(diǎn)：1. 混池2. 性狀分離所以，BSA可...
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使用QTLseqr進(jìn)行BSA-seq分析QTLseqr是一個(gè)用于BSA-seq的R包，它能夠讀取GATK輸出結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾，最終使用SNP-index和G 統(tǒng)計(jì)值的方法進(jìn)行定位。我們這次...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（上篇）BSA雖然不是我最早接觸的高通量數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目（最早的是RNA-seq），但是卻是我最早獨(dú)立開(kāi)展的數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目， 我曾經(jīng)專(zhuān)門(mén)寫(xiě)過(guò)一篇文章介紹如何使...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（下篇）
接著上一篇留下的問(wèn)題，如何按照以1M為窗口，每次移動(dòng)10Kb計(jì)算均值。我們以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位點(diǎn)...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（中篇）下游分析 下游分析可能是比較成熟化的流程分析，對(duì)服務(wù)器的要求比較高一些，下游分析則是對(duì)背景知識(shí)要求高一些，例如VCF的格式，遺傳學(xué)的三大定律等。...
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