上一篇介紹了使用ChIPseeker對(duì)peaks的分布和鄰近基因的注釋。除此之外，下游分析通常還包括鑒定我們感興趣的蛋白質(zhì)結(jié)合的motif；鑒定...
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第8篇：用網(wǎng)頁版工具做功能分析和motif分析 -
MACS2 Call Peak 參數(shù)詳細(xì)學(xué)習(xí)
隨著測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)被廣泛用于研究全基因組蛋白-DNA互作。macs 基于一種新的模型可以很好的識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。macs...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker對(duì)peaks進(jìn)行注釋和可視化上一步驟（第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR）用IDR對(duì)重復(fù)樣本peaks的一致性進(jìn)行了評(píng)估，同時(shí)得到了merge后的一致性的peaks——sam...
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評(píng)估兩個(gè)樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評(píng)估樣本間的關(guān)系 評(píng)估不同工具得到的差異peaks的一致性 評(píng)估差異p...
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R包SCENIC:結(jié)果可視化與分析
1.鑒定細(xì)胞狀態(tài) 以t-SNE圖呈現(xiàn)AUC評(píng)分和TF表達(dá)情況（即調(diào)控元件的活動(dòng)度） 利用AUC 交互app（Scope） logMat <- e...
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R包SCENIC:安裝
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering 目前支持分析的物種...
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R包SCENIC：分析流程
GRN：基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 分為四步進(jìn)行GRN分析 1.GENIE3/GRNBoost：基于共表達(dá)情況鑒定每個(gè)TF的潛在靶點(diǎn); 過濾表達(dá)矩陣并運(yùn)行R包...
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bedtools提取fasta
bedtools getfasta -fi /media/shen/6a524d78-97d1-481c-b068-8116a4d007f8/s...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析--再說Seurat上期我們講了使用Seurat分析單個(gè)樣本，那么2個(gè)或多個(gè)樣本的分析會(huì)有哪些不同呢？單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中一個(gè)重要的問題就在于批次效應(yīng)，任何一個(gè)試驗(yàn)步...
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主要轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫
TRANSFAC 數(shù)據(jù)庫 有兩個(gè)版本，公開版和專業(yè)版 JASPAR數(shù)據(jù)庫 JASPAR是收集有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合位點(diǎn)模體的最全面的公開的數(shù)據(jù)...
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