上一篇介紹了使用ChIPseeker對(duì)peaks的分布和鄰近基因的注釋。除此之外,下游分析通常還包括鑒定我們感興趣的蛋白質(zhì)結(jié)合的motif;鑒定...
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上一篇介紹了使用ChIPseeker對(duì)peaks的分布和鄰近基因的注釋。除此之外,下游分析通常還包括鑒定我們感興趣的蛋白質(zhì)結(jié)合的motif;鑒定...
隨著測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步,染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)被廣泛用于研究全基因組蛋白-DNA互作。macs 基于一種新的模型可以很好的識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。macs...
上一步驟(第6篇:重復(fù)樣本的處理——IDR)用IDR對(duì)重復(fù)樣本peaks的一致性進(jìn)行了評(píng)估,同時(shí)得到了merge后的一致性的peaks——sam...
學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評(píng)估兩個(gè)樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評(píng)估樣本間的關(guān)系 評(píng)估不同工具得到的差異peaks的一致性 評(píng)估差異p...
1.鑒定細(xì)胞狀態(tài) 以t-SNE圖呈現(xiàn)AUC評(píng)分和TF表達(dá)情況(即調(diào)控元件的活動(dòng)度) 利用AUC 交互app(Scope) logMat <- e...
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering 目前支持分析的物種...
GRN:基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 分為四步進(jìn)行GRN分析 1.GENIE3/GRNBoost:基于共表達(dá)情況鑒定每個(gè)TF的潛在靶點(diǎn); 過濾表達(dá)矩陣并運(yùn)行R包...
bedtools getfasta -fi /media/shen/6a524d78-97d1-481c-b068-8116a4d007f8/s...
上期我們講了使用Seurat分析單個(gè)樣本,那么2個(gè)或多個(gè)樣本的分析會(huì)有哪些不同呢?單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中一個(gè)重要的問題就在于批次效應(yīng),任何一個(gè)試驗(yàn)步...
TRANSFAC 數(shù)據(jù)庫 有兩個(gè)版本,公開版和專業(yè)版 JASPAR數(shù)據(jù)庫 JASPAR是收集有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合位點(diǎn)模體的最全面的公開的數(shù)據(jù)...