1.GO富集 使用orgDb 通過使用Bioconductor的AnnotationHub在線檢索并抓取OrgDb。非模式基因GO富集分析：以玉...
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玉米轉(zhuǎn)錄組的KEGG和GO富集分析 -
做出漂亮的序列比對alignment圖——ENDscript/ESPript大家經(jīng)常在文獻(xiàn)中看到非常好看的序列比對圖，現(xiàn)在筆者將目前見過的最好看的序列比對圖的作圖方法作分享，希望對大家的科研工作有所幫助，效果圖如下： 1...
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好好學(xué)！這技術(shù)值一篇Plant physiology！今天看到Plant physiology在線發(fā)表了一篇文章。 In this study, we developed a software pa...
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通過VCF文件制作定制化的參考基因組
前言 最近做的項目要對reference genome基于突變進(jìn)行一些modify，制作personalized genome或者說是psued...
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SR4R數(shù)據(jù)庫：水稻4個SNP集的篩選及其應(yīng)用前言 王向峰老師2020年發(fā)表在《Genomics Proteomics Bioinformatics》（IF=6.597）上的文章。對于做數(shù)據(jù)...
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autoSeqMan:批量Sanger測序結(jié)果處理、拼接昨天送樣的sanger測序結(jié)果返回來了，可是看著ab1文件和seq文件我就有點頭疼，一個一個來處理肯定是不適合我這個懶人的，一定要來批量處理的，...
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氮循環(huán)對應(yīng)KO號https://www.genome.jp/kegg/ko.html KEGG Orthology 簡稱KO, 對于每個功能已知的基因，會把和其...
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【samtools】運行報錯: error while loading shared libraries：libcrypto.so.1.0.0或libncurses.so.5或libtinfow...samtools用conda安裝后，總是出現(xiàn)共享庫缺失的報錯。即便你剛安裝samtools時可以用，但后面在同一環(huán)境中安裝其他相關(guān)軟件，有可能產(chǎn)...
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貼心 | GXF Fix 修復(fù) / 優(yōu)化基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件 - GTF/GFF3寫在前面 目前基因組測序和組裝成本幾乎已經(jīng)到任何一個課題組都可以單獨負(fù)擔(dān)的價碼，大量物種的基因組序列被測定和釋放。與此同時，對應(yīng)的基因結(jié)構(gòu)注釋信...
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如果gff文件出錯，如何矯正基因結(jié)構(gòu)注釋文件？什么？基因注釋文件出錯？ 往下看！ 有時候在做進(jìn)化樹+結(jié)構(gòu)域這種組合圖時，會發(fā)現(xiàn)偶爾有個別基因的結(jié)構(gòu)域與同一基因家族的其他成員相比，會出現(xiàn)“缺胳...
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