發(fā)簡信
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bakta：細菌基因組注釋更好的選擇新軟件(其實出了很久了)，這兩天部署好用了一下，感覺很不錯。 安裝 直接condaconda install bioconda::bakta軟件...
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寫了個小腳本autosnippy:自動cgSNP分析
最近寫了一個snakemake流程，方便自己跑SNP分析。目前還是需要手動編輯一個文件表，剩下就是直接等著收樹文件了。 安裝 首先克隆git c...
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GBKviz：可能是easyfig最好的替代GBKviz 是一個基于 web 的 Genbank 數(shù)據(jù)可視化和比較工具，使用 streamlit web 框架開發(fā)。 GBKviz 允許用戶...
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【雜談】Word才是最好的PDF閱讀器吧不知道大家知不知道現(xiàn)在Word很早之前開始已經(jīng)可以打開PDF文件了，隨意打開一篇文獻： 進入了可編輯的狀態(tài)，可以直接另存為一份為docx格式，可...
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利用泛基因組挖掘目標細菌的靶標基因-Roary,gbksplit和TBtools準備 1.基因組序列下載與注釋，使用prokka進行注釋，獲得gff文件。參考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡書...
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Snippy使用時報錯的解決方法
最近重新安裝Snippy進行SNP分析時，發(fā)現(xiàn)一開始就報錯了，查看日志中發(fā)現(xiàn)提示沒有安裝bcftools，可是用conda裝的欸怎么可能會漏軟件...
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用Conda安裝Circos所需的各項依賴版本承接上一篇，最近在導(dǎo)出環(huán)境時，順帶把circos的環(huán)境所安裝的所有包導(dǎo)出了，復(fù)制下面內(nèi)容，保存為circos.yaml文件，運行：conda e...
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Circos安裝出問題?這個安裝組合能一鍵成功安裝CircosCircos安裝感覺一直是個難題，各種模塊總會這里少一個那里少一個。最近在學(xué)習另外一個軟件時發(fā)現(xiàn)安裝下面這個版本去安裝Circos以及幾個per...
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Resfinder一鍵安裝以及問題解決
準備工作1.安裝好conda以及mamba2.建立一個環(huán)境，命名為resfinderconda create -n resfinder激活環(huán)境s...