GBKviz 是一個基于 web 的 Genbank 數(shù)據(jù)可視化和比較工具，使用 streamlit web 框架開發(fā)。 GBKviz 允許用戶在用戶指定的基因組區(qū)域（PNG 或 SVG 格式可用）中輕松靈活地繪制 CDS。它還支持通過 MUMmer 繪制基因組比較結(jié)果。 GenomeDiagram 是 BioPython 模塊的一部分，用于繪制圖表。本軟件是在 EasyFig 的強(qiáng)烈啟發(fā)下開發(fā)的。
訪問GBKviz網(wǎng)頁版可以去網(wǎng)頁版試試，找兩個NCBI數(shù)據(jù)庫的質(zhì)粒就可以。
安裝
本地建一個單獨(dú)的環(huán)境：
conda create -n gbkviz
建好以后激活環(huán)境：
source activate gbkviz
因?yàn)檠b了mamba，所以就用mamba了，跟conda是一樣的：
mamba install -c bioconda -c conda-forge gbkviz
運(yùn)行
直接輸入：
gbkviz_webapp
回車運(yùn)行：
01
點(diǎn)擊選擇Network URL后面那個網(wǎng)址即可，會打開瀏覽器進(jìn)入本地頁面。
02
左邊導(dǎo)入gbk文件
03
導(dǎo)入以后會自動生成一個基礎(chǔ)的圖：
04
在左側(cè)可以調(diào)節(jié)參數(shù)，顯示基因標(biāo)簽，箭頭樣式，標(biāo)簽角度等等，調(diào)節(jié)到自己合適后：
05
可以下載svg格式進(jìn)入AI等軟件進(jìn)行進(jìn)一步的美化。
06
