新軟件(其實(shí)出了很久了),這兩天部署好用了一下,感覺(jué)很不錯(cuò)。 安裝 直接condaconda install bioconda::bakta軟件最新版要6.0的數(shù)據(jù)庫(kù),軟件主...
新軟件(其實(shí)出了很久了),這兩天部署好用了一下,感覺(jué)很不錯(cuò)。 安裝 直接condaconda install bioconda::bakta軟件最新版要6.0的數(shù)據(jù)庫(kù),軟件主...
問(wèn)題1:使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling。發(fā)現(xiàn)結(jié)果中core.full.aln中,有開(kāi)頭100bp和結(jié)尾的100bp被標(biāo)記為NN >JN5803...
@wangchorman 在 ] 前面加,逗號(hào)+空格+單引號(hào)需要添加的項(xiàng),后面再同樣方式接該項(xiàng)的值,如 , '--threads', '4' ])
autoprokka:使用prokka批量注釋autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件,并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果,.gff...
最近寫(xiě)了一個(gè)snakemake流程,方便自己跑SNP分析。目前還是需要手動(dòng)編輯一個(gè)文件表,剩下就是直接等著收樹(shù)文件了。 安裝 首先克隆git clone https://gi...
@無(wú)掛勿念 你是不是自己加了別的參數(shù)呢,不加試試吧...
autoprokka:使用prokka批量注釋autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件,并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果,.gff...
@易ylf 改執(zhí)行的命令那里,注意格式
autoprokka:使用prokka批量注釋autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件,并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果,.gff...
剛與一師兄聊了幾句,大體關(guān)于說(shuō)話做事。說(shuō)得直白點(diǎn),或許就是「學(xué)會(huì)隱藏自己的想法」。這大半年過(guò)去,我不時(shí)也會(huì)與朋友聊到相關(guān)話題。世事無(wú)常,大多人與物并不以我們意志為轉(zhuǎn)移。事實(shí)上...
mRNA-seq上中游分析需要用到Linux系統(tǒng)的terminal! 盡管TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中已經(jīng)提供了大量的處理好的表達(dá)矩陣數(shù)據(jù),但是無(wú)論是自身實(shí)驗(yàn)需要,還是從NCBI的GEO...
GBKviz 是一個(gè)基于 web 的 Genbank 數(shù)據(jù)可視化和比較工具,使用 streamlit web 框架開(kāi)發(fā)。 GBKviz 允許用戶在用戶指定的基因組區(qū)域(PNG...
@5050093bd92d 軟件運(yùn)行方面沒(méi)問(wèn)題,完成圖不完成圖都可以,就是不同組裝水平的基因組對(duì)結(jié)果是有一定影響的。
我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚類(lèi)分析流程個(gè)人進(jìn)行SNP分析用的軟件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy],主要是可以一次批量完成。準(zhǔn)備工作:1.待分析的序列文件(fa...
不知道大家知不知道現(xiàn)在Word很早之前開(kāi)始已經(jīng)可以打開(kāi)PDF文件了,隨意打開(kāi)一篇文獻(xiàn): 進(jìn)入了可編輯的狀態(tài),可以直接另存為一份為docx格式,可以盡情做標(biāo)注什么的,讀文獻(xiàn)應(yīng)該...
@83a31eeb2e3b 啊這,默認(rèn)是不用輸進(jìn)去的...只是提示你默認(rèn)是這個(gè)...
win11下Ubuntu子系統(tǒng)遷移D盤(pán)歷程以及遇到的問(wèn)題由于C盤(pán)快爆滿,將子系統(tǒng)遷移至D盤(pán)。直接用系統(tǒng)自帶的命令進(jìn)行遷移。右鍵開(kāi)始圖標(biāo),打開(kāi)Powershell。 輸入以下命令: 顯示你當(dāng)前安裝的子系統(tǒng),我只有一個(gè)"Ubuntu"...
準(zhǔn)備 1.基因組序列下載與注釋?zhuān)褂胮rokka進(jìn)行注釋?zhuān)@得gff文件。參考我前一篇:autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[...
@周祺_7e33 用cp命令
win11下Ubuntu子系統(tǒng)遷移D盤(pán)歷程以及遇到的問(wèn)題由于C盤(pán)快爆滿,將子系統(tǒng)遷移至D盤(pán)。直接用系統(tǒng)自帶的命令進(jìn)行遷移。右鍵開(kāi)始圖標(biāo),打開(kāi)Powershell。 輸入以下命令: 顯示你當(dāng)前安裝的子系統(tǒng),我只有一個(gè)"Ubuntu"...
@哈爾濱小王子 不行
autoSeqMan:批量Sanger測(cè)序結(jié)果處理、拼接昨天送樣的sanger測(cè)序結(jié)果返回來(lái)了,可是看著ab1文件和seq文件我就有點(diǎn)頭疼,一個(gè)一個(gè)來(lái)處理肯定是不適合我這個(gè)懶人的,一定要來(lái)批量處理的,于是乎找到了autoSeqMa...
@直球選手 這個(gè)有resfinder的數(shù)據(jù)庫(kù)可以blast,看耐藥基因??
細(xì)菌測(cè)序后想要查找其攜帶的毒力基因和耐藥基因?ABRicate我覺(jué)得還行細(xì)菌測(cè)序組裝完成后,想要查找菌株攜帶的已知的毒力基因和耐藥基因,我首推使用ABRicate推薦使用conda安裝:conda install abricate安裝完成后,運(yùn)行...
最近重新安裝Snippy進(jìn)行SNP分析時(shí),發(fā)現(xiàn)一開(kāi)始就報(bào)錯(cuò)了,查看日志中發(fā)現(xiàn)提示沒(méi)有安裝bcftools,可是用conda裝的欸怎么可能會(huì)漏軟件呢,然后就試著運(yùn)行一下bcft...
承接上一篇,最近在導(dǎo)出環(huán)境時(shí),順帶把circos的環(huán)境所安裝的所有包導(dǎo)出了,復(fù)制下面內(nèi)容,保存為circos.yaml文件,運(yùn)行:conda env create -f ci...
核心基因提?。簆rokka、roary和TBtools的聯(lián)合運(yùn)用首先,下載好基因組的完成圖(自己的也行,只要確保測(cè)序質(zhì)量夠好),先用prokka注釋完獲得*.gff文件(批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行),將gff文件放...