新軟件(其實(shí)出了很久了)，這兩天部署好用了一下，感覺(jué)很不錯(cuò)。 安裝 直接condaconda install bioconda::bakta軟件最新版要6.0的數(shù)據(jù)庫(kù)，軟件主...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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bakta：細(xì)菌基因組注釋更好的選擇 -
[snippy]使用時(shí)遇到的問(wèn)題和困惑
問(wèn)題1：使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling。發(fā)現(xiàn)結(jié)果中core.full.aln中，有開(kāi)頭100bp和結(jié)尾的100bp被標(biāo)記為NN >JN5803...
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@wangchorman 在 ] 前面加，逗號(hào)+空格+單引號(hào)需要添加的項(xiàng)，后面再同樣方式接該項(xiàng)的值，如 , '--threads', '4' ])
autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果，.gff...
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寫(xiě)了個(gè)小腳本autosnippy:自動(dòng)cgSNP分析
最近寫(xiě)了一個(gè)snakemake流程，方便自己跑SNP分析。目前還是需要手動(dòng)編輯一個(gè)文件表，剩下就是直接等著收樹(shù)文件了。 安裝 首先克隆git clone https://gi...
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@無(wú)掛勿念 你是不是自己加了別的參數(shù)呢，不加試試吧...
autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果，.gff...
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@易ylf 改執(zhí)行的命令那里，注意格式
autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果，.gff...
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隨筆 | 學(xué)會(huì)「獨(dú)處」
剛與一師兄聊了幾句，大體關(guān)于說(shuō)話做事。說(shuō)得直白點(diǎn)，或許就是「學(xué)會(huì)隱藏自己的想法」。這大半年過(guò)去，我不時(shí)也會(huì)與朋友聊到相關(guān)話題。世事無(wú)常，大多人與物并不以我們意志為轉(zhuǎn)移。事實(shí)上...
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mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemRNA-seq上中游分析需要用到Linux系統(tǒng)的terminal！ 盡管TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中已經(jīng)提供了大量的處理好的表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)，但是無(wú)論是自身實(shí)驗(yàn)需要，還是從NCBI的GEO...
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GBKviz：可能是easyfig最好的替代GBKviz 是一個(gè)基于 web 的 Genbank 數(shù)據(jù)可視化和比較工具，使用 streamlit web 框架開(kāi)發(fā)。 GBKviz 允許用戶在用戶指定的基因組區(qū)域（PNG...
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@5050093bd92d 軟件運(yùn)行方面沒(méi)問(wèn)題，完成圖不完成圖都可以，就是不同組裝水平的基因組對(duì)結(jié)果是有一定影響的。
我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚類(lèi)分析流程
個(gè)人進(jìn)行SNP分析用的軟件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy]，主要是可以一次批量完成。準(zhǔn)備工作：1.待分析的序列文件（fa...
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【雜談】Word才是最好的PDF閱讀器吧不知道大家知不知道現(xiàn)在Word很早之前開(kāi)始已經(jīng)可以打開(kāi)PDF文件了，隨意打開(kāi)一篇文獻(xiàn)： 進(jìn)入了可編輯的狀態(tài)，可以直接另存為一份為docx格式，可以盡情做標(biāo)注什么的，讀文獻(xiàn)應(yīng)該...
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@83a31eeb2e3b 啊這，默認(rèn)是不用輸進(jìn)去的...只是提示你默認(rèn)是這個(gè)...
win11下Ubuntu子系統(tǒng)遷移D盤(pán)歷程以及遇到的問(wèn)題
由于C盤(pán)快爆滿，將子系統(tǒng)遷移至D盤(pán)。直接用系統(tǒng)自帶的命令進(jìn)行遷移。右鍵開(kāi)始圖標(biāo)，打開(kāi)Powershell。 輸入以下命令： 顯示你當(dāng)前安裝的子系統(tǒng)，我只有一個(gè)"Ubuntu"...
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利用泛基因組挖掘目標(biāo)細(xì)菌的靶標(biāo)基因-Roary,gbksplit和TBtools準(zhǔn)備 1.基因組序列下載與注釋?zhuān)褂胮rokka進(jìn)行注釋?zhuān)@得gff文件。參考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[...
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@周祺_7e33 用cp命令
win11下Ubuntu子系統(tǒng)遷移D盤(pán)歷程以及遇到的問(wèn)題
由于C盤(pán)快爆滿，將子系統(tǒng)遷移至D盤(pán)。直接用系統(tǒng)自帶的命令進(jìn)行遷移。右鍵開(kāi)始圖標(biāo)，打開(kāi)Powershell。 輸入以下命令： 顯示你當(dāng)前安裝的子系統(tǒng)，我只有一個(gè)"Ubuntu"...
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@哈爾濱小王子 不行
autoSeqMan:批量Sanger測(cè)序結(jié)果處理、拼接
昨天送樣的sanger測(cè)序結(jié)果返回來(lái)了，可是看著ab1文件和seq文件我就有點(diǎn)頭疼，一個(gè)一個(gè)來(lái)處理肯定是不適合我這個(gè)懶人的，一定要來(lái)批量處理的，于是乎找到了autoSeqMa...
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@直球選手 這個(gè)有resfinder的數(shù)據(jù)庫(kù)可以blast，看耐藥基因??
細(xì)菌測(cè)序后想要查找其攜帶的毒力基因和耐藥基因？ABRicate我覺(jué)得還行
細(xì)菌測(cè)序組裝完成后，想要查找菌株攜帶的已知的毒力基因和耐藥基因，我首推使用ABRicate推薦使用conda安裝：conda install abricate安裝完成后，運(yùn)行...
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Snippy使用時(shí)報(bào)錯(cuò)的解決方法
最近重新安裝Snippy進(jìn)行SNP分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)一開(kāi)始就報(bào)錯(cuò)了，查看日志中發(fā)現(xiàn)提示沒(méi)有安裝bcftools，可是用conda裝的欸怎么可能會(huì)漏軟件呢，然后就試著運(yùn)行一下bcft...
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用Conda安裝Circos所需的各項(xiàng)依賴(lài)版本承接上一篇，最近在導(dǎo)出環(huán)境時(shí)，順帶把circos的環(huán)境所安裝的所有包導(dǎo)出了，復(fù)制下面內(nèi)容，保存為circos.yaml文件，運(yùn)行：conda env create -f ci...
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核心基因提?。簆rokka、roary和TBtools的聯(lián)合運(yùn)用
首先，下載好基因組的完成圖（自己的也行，只要確保測(cè)序質(zhì)量夠好），先用prokka注釋完獲得*.gff文件（批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行），將gff文件放...