發(fā)簡(jiǎn)信
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bakta：細(xì)菌基因組注釋更好的選擇新軟件(其實(shí)出了很久了)，這兩天部署好用了一下，感覺(jué)很不錯(cuò)。 安裝 直接condaconda install bioconda::bakta軟件...
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寫了個(gè)小腳本autosnippy:自動(dòng)cgSNP分析
最近寫了一個(gè)snakemake流程，方便自己跑SNP分析。目前還是需要手動(dòng)編輯一個(gè)文件表，剩下就是直接等著收樹(shù)文件了。 安裝 首先克隆git c...
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GBKviz：可能是easyfig最好的替代GBKviz 是一個(gè)基于 web 的 Genbank 數(shù)據(jù)可視化和比較工具，使用 streamlit web 框架開(kāi)發(fā)。 GBKviz 允許用戶...
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【雜談】Word才是最好的PDF閱讀器吧不知道大家知不知道現(xiàn)在Word很早之前開(kāi)始已經(jīng)可以打開(kāi)PDF文件了，隨意打開(kāi)一篇文獻(xiàn)： 進(jìn)入了可編輯的狀態(tài)，可以直接另存為一份為docx格式，可...
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利用泛基因組挖掘目標(biāo)細(xì)菌的靶標(biāo)基因-Roary,gbksplit和TBtools準(zhǔn)備 1.基因組序列下載與注釋，使用prokka進(jìn)行注釋，獲得gff文件。參考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡(jiǎn)書(shū)...
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Snippy使用時(shí)報(bào)錯(cuò)的解決方法
最近重新安裝Snippy進(jìn)行SNP分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)一開(kāi)始就報(bào)錯(cuò)了，查看日志中發(fā)現(xiàn)提示沒(méi)有安裝bcftools，可是用conda裝的欸怎么可能會(huì)漏軟件...
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用Conda安裝Circos所需的各項(xiàng)依賴版本承接上一篇，最近在導(dǎo)出環(huán)境時(shí)，順帶把circos的環(huán)境所安裝的所有包導(dǎo)出了，復(fù)制下面內(nèi)容，保存為circos.yaml文件，運(yùn)行：conda e...
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Circos安裝出問(wèn)題?這個(gè)安裝組合能一鍵成功安裝CircosCircos安裝感覺(jué)一直是個(gè)難題，各種模塊總會(huì)這里少一個(gè)那里少一個(gè)。最近在學(xué)習(xí)另外一個(gè)軟件時(shí)發(fā)現(xiàn)安裝下面這個(gè)版本去安裝Circos以及幾個(gè)per...
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Resfinder一鍵安裝以及問(wèn)題解決
準(zhǔn)備工作1.安裝好conda以及mamba2.建立一個(gè)環(huán)境，命名為resfinderconda create -n resfinder激活環(huán)境s...