OrthoVenn2 OrthoVenn2是一個(gè)網(wǎng)頁版的基因家族聚類工具，它基于OrthoMCL。選擇要分析的物種，也可上傳蛋白序列 分析結(jié)果 ...
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比較基因組分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用 -
orthofinder
conda已經(jīng)安裝orthofinder2，試運(yùn)行了一下，目前的問題： 1.跑出的結(jié)果不知道怎么用：哪些結(jié)果可以用作下一步分析？下一步分析要做什...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（...
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基因家族分析 | 預(yù)測基因家族收縮與擴(kuò)張（orthofinder，cafe）
以下參照 hoptop的「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析這篇帖子試跑了一遍 1.軟件安裝 2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 下載「基因組學(xué)...
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OrthoFinder尋找同源基因并建樹提到尋找物種之間的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL...
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Ubuntu 下Blast+工具的安裝與環(huán)境配置NCBI的Blast工具一直是生物信息中重要的序列比對工具，也是很多基因家族鑒定工作中不可或缺的工具之一 最近NCBI推出了Blast+的軟件工...
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「生信」同源基因分析——OrthoMCL目錄介紹環(huán)境配置OrthoMCL使用統(tǒng)計(jì)聚類結(jié)果最后 介紹 OrthoMCL是一款直系同源基因聚類軟件, 它不僅能得到多個(gè)物種共有的直系同源基因...
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尋找同源基因工具OrthoMCL與OrthoFinder的安裝與使用比較基因組學(xué) 簡單介紹一下比較基因組學(xué)，Comparative genomics是基于基因組圖譜和測序技術(shù)，對已知的基因特征和基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較...
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「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析談?wù)摰街毕低椿蚍治龅臅r(shí)候，大部分教程都是介紹OrthoMCL，這是2003年發(fā)表的一個(gè)工具，目前的引用次數(shù)已經(jīng)達(dá)到了3000多，但這個(gè)軟件似...
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