發(fā)簡信
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利用Diamond-OrfPredictor獲取可靠的轉(zhuǎn)錄本編碼蛋白
總體思路是先通過Diamond將所有的轉(zhuǎn)錄本用blastp進行比對到UniprotKB蛋白序列非冗余庫中。 將比對的結(jié)果獲取了用于指導后期的OR...
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Ubuntu 本地電腦上配置php環(huán)境并部署RefFinder php用于計算并比較多個候選參考基因的工具，這個工具常出現(xiàn)在內(nèi)參基因選擇的文章中，通過整合多個算法并進行加權(quán)處理后得到一個推薦的內(nèi)參基因。然而這個工具...
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第二篇：Evaluation of suitable reference genes for qRT-PCR normalization in strawberry (Fragaria × an...============= 1. 作者介紹 ============= 本文的作者是四川農(nóng)業(yè)大學的園藝學院的博士，由于是我們課題組的，因此有一點...
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轉(zhuǎn)錄組分析實戰(zhàn)附錄：Trinity 拼接結(jié)果質(zhì)量控制
在第二節(jié)中，我們采用了Trinity工具做了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的拼接，我一共是6個樣本6個G的數(shù)據(jù)量，在我那個設置下跑了接近30多個小時就完成了拼接工作...
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轉(zhuǎn)錄組分析實戰(zhàn)第七節(jié)：采用Trinotate對拼接結(jié)果進行注釋
既然可以通過Trinity對所有的Reads進行拼接后得到很多的轉(zhuǎn)錄本（Transcripts) , 因此很有必要對這些轉(zhuǎn)錄本進行注釋。 注釋的...
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開集前的概述
些文章需要精讀，有些文章需要泛讀，而有些文章需要反復的咀嚼。 開這個文集的想法就是記錄一些我覺得可以讀的文章，精細閱讀并且為了以后的反復閱讀提供...
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第一篇：RNA-Seq analysis in MeV============= 1. 作者介紹 ============= 這是一個位于波士頓的癌癥研究中心與英國牛津大學以及哈佛大學公共衛(wèi)生學院共...
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Ubuntu 下Blast+工具的安裝與環(huán)境配置NCBI的Blast工具一直是生物信息中重要的序列比對工具，也是很多基因家族鑒定工作中不可或缺的工具之一 最近NCBI推出了Blast+的軟件工...
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轉(zhuǎn)錄組分析實戰(zhàn)第五節(jié)：EdgeR對表達量矩陣進行基因表達差異分析通過前期的基因定量，我們通過RSEM或者Kallisto這些工具得到了每個基因或者轉(zhuǎn)錄本的表達量矩陣。輸出的矩陣包含了基因以及在各個樣本中的表達...