寫在前面 約莫一個月前，不知為何，突然收到好幾個朋友問了一些TBtools的使用問題。按照我個人的設想，TBtools的使用應該不會存在使用問題...
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零基礎-絕對完成GO/KEGG pathway富集分析-和-繪圖 -
NGS 數據過濾之 Trimmomatic 詳細說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數據過濾對后續(xù)分析至關重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準確率和效...
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R使用筆記：相關系數:cor.test();corr.test();rcorr()本次筆記內容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {s...
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基因組數據的重測序分析我通過查資料獲得已知達松維爾擬諾卡氏菌亞種（cardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei）的基因組原始...
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2018-10-25 GWAS實戰(zhàn)（一） qqman繪制曼哈頓圖作為一個統(tǒng)計遺傳學實驗室里的學生，怎么可以不會GWAS分析，雖然學的是生物信息學，但是每天聽師兄師姐在那里討論這個模型，那個矩陣啥的，多多少少有...
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2018-11-05 GWAS實戰(zhàn)（六）plink 進階之主成分分析和群體分層要學習這一節(jié)，首先是要學習什么是主成分，什么是聚類這個我一直有點搞混，可以百度谷歌查一查http://www.cnblogs.com/pinar...
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2018-11-06 GWAS實戰(zhàn)（七）plink 進階之關聯分析這一節(jié)說的是association analysis 也是我們分析單標記回歸得到的結果（P值）的一步，這一步的結果可以用來與我第一講 聯合起來，...
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2018-10-31 GWAS實戰(zhàn)（三）plink 進階之認識常用文件格式學會了基本的plink之后，就要開始學習了解輸入文件的格式了。詳細的格式建議看官網因為之前以及接觸過幾次，這里來個詳細的歸總主要認識 ped m...
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從vcf文件提取exon中的snp和Indel
首先制作bed格式的文件包含基因組全部的外顯子區(qū)域坐標如下： 從vcf文件中提取位于exon區(qū)域的變異位點
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2018-10-11 使用plink1.9 和plink2 把 vcf 轉化成bed bim fam
上次我是把bed bim fam 轉成 vcf ，這次反過來，我已有的vcf 文件，要轉成 bed bim fam. 上網查了查，發(fā)現plink...
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