Raw contact to .hic → juicer_tools 軟件地址：https://github.com/aidenlab/jui...
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數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) | Hi-C數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)化 -
文獻(xiàn)閱讀 | MOCHI:識別基因調(diào)控網(wǎng)路中的互作模塊原文鏈接:Tian D, Zhang R, Zhang Y, Zhu X, Ma J. MOCHI enables discovery of h...
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教你用科學(xué)雜志喜歡的配色作圖——R包ggsci
ggsci是ggplot的主題包，它提供一系列高質(zhì)量的調(diào)色板，其靈感來自于科學(xué)期刊、數(shù)據(jù)可視化庫、科幻電影和電視節(jié)目中使用的顏色。ggsci中的...
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RCircos包的使用參考：1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/R...
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Encode數(shù)據(jù)下載很慢怎么辦？
最近我要下200個(gè)ChIP-seq的數(shù)據(jù)，在下載的過程中發(fā)現(xiàn)，有的數(shù)據(jù)下載非常的慢！就像下面這種，我排除了大型機(jī)網(wǎng)絡(luò)的問題，那么我應(yīng)該咋辦。。。...
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R-下載某一條通路的所有基因名字（KEGG）實(shí)例：如何拿到KEGG數(shù)據(jù)庫中多巴胺通路相關(guān)的基因集 一、確定目標(biāo)通路 打開KEGG選擇pathway，在搜索框前輸入物種，框內(nèi)填入關(guān)鍵詞。 篩...
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KEGG數(shù)據(jù)庫：查找某個(gè)通路上的所有基因
1.kegg數(shù)據(jù)庫下載 通常我們?nèi)绻阎硞€(gè)基因，想對這個(gè)基因做通路很簡單，直接用kegg的網(wǎng)頁注釋就可以；如果想知道某個(gè)通路里相關(guān)的所有基因列...
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使用pyGenomeTracks可視化hi-c數(shù)據(jù)
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 可視化是數(shù)據(jù)分析中非常重要的一個(gè)環(huán)節(jié)，對于NGS分析數(shù)據(jù)的可視化，最常用的就是各種基因組瀏覽器了，既有UCSC, G...
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【三維基因組】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step1Juicer Tools 簡介以及前期處理 Juicer 軟件分析流程以及幾大模塊,如下圖所示： JUICER主要分為三個(gè)模塊 JUICER T...
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【三維基因組】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step4我們知道.hic 文件是高度壓縮的二進(jìn)制文件，便于存儲和分析。那么如果我們想要從.hic提取某一區(qū)域的交互信息的話，該如何操作呢？這就涉及到了j...
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