前言 眾所周知，一般GWAS分析中SNPs都是上幾十萬個(gè)的， 但是樣本頂多也就幾千個(gè)嘛（1980個(gè)新冠患者GWAS還發(fā)了NEJM）， 亞組分析可...
投稿
收錄了13篇文章 · 68人關(guān)注
-
GWAS分析-說人話（17）- 基因型數(shù)據(jù)我就要用Excel打開！ -
GWAS分析-說人話（16）- "一鍵提取“所有染色體需要的表型數(shù)據(jù) III
前言 這個(gè)其實(shí)是“GWAS分析-說人話（7）keep提取我們需要的表型數(shù)據(jù) III”的續(xù)編IV 沒錯(cuò)，只要你的需求（daoshi）不是什么變態(tài)，...
-
GWAS分析-說人話（10）安裝fcGENE軟件
“前言： 如何安裝軟件？博主你是來搞笑撐版面的嗎？ 大神請(qǐng)飄過～～ 高興點(diǎn)個(gè)贊就好～ 小白們不要告訴我雙擊打開，我就安了！ 好的，說人話～ 安裝...
-
GWAS分析-說人話（11）使用fcGENE軟件轉(zhuǎn)化成plink格式前言： 如何使用軟件？這還不簡(jiǎn)單？！ 不要告訴我雙擊打開就好了！ 不過這一篇的內(nèi)容都消化的話， 是可以“讀懂”一類型的生信文章的～ 什么是fcG...
-
GWAS分析-說人話（5）keep提取我們需要的表型數(shù)據(jù) I前言 “皇上，您還記得大明湖畔的夏雨荷嗎？” “小白，您還記得fam文件的第六列嗎？” 當(dāng)一個(gè)數(shù)據(jù)集（如肺癌），包括很多中類型的肺癌的時(shí)候 如腺...
-
GWAS分析-說人話（6）keep提取我們需要的表型數(shù)據(jù) II
前言 書接上一回： keep并不是像如下的那么簡(jiǎn)答的！ 這個(gè)指令的關(guān)鍵在于中間的sampleID文件的準(zhǔn)備 --keepaccepts a sp...
-
GWAS分析-說人話（7）keep提取我們需要的表型數(shù)據(jù) III前言 沒錯(cuò)，我還是繼續(xù)吐槽： keep并不是想如下的那么簡(jiǎn)答的！ 經(jīng)過了前兩文的準(zhǔn)備文件，我們終于獲得了中間的“sampleID.txt”文件了...
-
GWAS分析-說人話（3）網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)下載后的處理前言 上天會(huì)告訴你那個(gè)文件才是需要用的嗎？ 不會(huì)！ 但我會(huì)?。c(diǎn)個(gè)贊，大個(gè)賞唄～） 數(shù)據(jù)下載后，相信我，小白連看哪個(gè)數(shù)據(jù)都會(huì)不知道的！ 當(dāng)然，數(shù)...
-
GWAS分析-說人話（9）初嘗關(guān)聯(lián)分析禁果前言 OK，這里只是初嘗關(guān)聯(lián)分析，有很多參數(shù)上的設(shè)置，及說明 請(qǐng)參考其他文章（有空會(huì)在最下面補(bǔ)上）。 書接上一回（GWAS分析-說人話（4）合并...
-
GWAS分析-說人話（8）合并數(shù)據(jù)前言 重要的，還是要知道自己在做什么！ 為什么要合并數(shù)據(jù)？ 是為了個(gè)性化的GWAS分析。plink的指令，只識(shí)別“一個(gè)”名字的文件（如下圖的MY...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1837660/1.png', '推薦專題《GWAS分析-說人話》（ 分享自 @簡(jiǎn)書 ）','http://www.itdecent.cn/c/7df7c15887bd?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁(yè)面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}