1. 尋找軟件所在的鏡像 用conda安裝軟件的標(biāo)準(zhǔn)語法格式為： 其中-c這個(gè)參數(shù)很重要，通過它來指定軟件下載的鏡像位置 對于我們這些生物信息學(xué)...
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conda軟件安裝的進(jìn)階操作 -
第9章 單通道實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
9.1 背景介紹 與早期的微陣列不同，大多數(shù)數(shù)據(jù)現(xiàn)在都是單通道類型。單通道數(shù)據(jù)來自流行的微陣列技術(shù)，如Affymetrix，Illumina或A...
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conda 創(chuàng)建/刪除/重命名 環(huán)境
創(chuàng)建新環(huán)境 刪除環(huán)境 重命名環(huán)境 conda 其實(shí)沒有重命名指令，實(shí)現(xiàn)重命名是通過 clone 完成的，分兩步： 先 clone 一份 new ...
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整合QC質(zhì)控結(jié)果的利器——MultiQC一、MultiQC介紹 NGS技術(shù)的進(jìn)步催生了新的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、分析類型和極高通量測序數(shù)據(jù)的生成。對于這些數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估，每一步分析結(jié)果的評估是后續(xù)...
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高通量測序質(zhì)控及可視化工具包RSeQC本期介紹一個(gè)測序質(zhì)控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能夠評估高通量測序尤其是RNA-seq數(shù)據(jù).比如一些基本模塊;檢查序列質(zhì)量...
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clusterProfiler使用心得(1)
date: 2017.10.18author: Jinwen 前言 大家都在詬病DAVID而推薦R包c(diǎn)lusterProfiler，所以我也跟風(fēng)...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉(zhuǎn)錄組R包寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, Q...
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無生物學(xué)重復(fù)RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biol...無生物學(xué)重復(fù)RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expr...
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RNA-Seq差異表達(dá)分析-擴(kuò)展綜述及新工具RNA-Seq差異表達(dá)分析-擴(kuò)展綜述及新工具 理解不同生物在不同條件下表型差異的關(guān)鍵是確定不同條件下差異表達(dá)基因(DEGs)。轉(zhuǎn)錄組的高通量測序...
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常用生物信息學(xué)格式介紹(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)前言 在各個(gè)行業(yè)都是有行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的，這樣才能統(tǒng)一規(guī)范而方便后面的分析，在生物信息學(xué)領(lǐng)域中主要是各種大量序列數(shù)據(jù)、注釋數(shù)據(jù)等，這些都是有特定的格式去...
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