mixcr與vdjtools是基于java平臺(tái)開發(fā)的處理從原始序列到定量克隆型的大量免疫組數(shù)據(jù)的免疫分析軟件，在使用前要確保java環(huán)境是ok的...
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使用vdjtools進(jìn)行免疫組庫分析 -
使用mixcr構(gòu)建免疫組庫及下游分析免疫組庫（Immune Repertoire，IR）是指個(gè)體在某個(gè)特定時(shí)間其循環(huán)系統(tǒng)中所有多樣性的T細(xì)胞和B細(xì)胞的總和，即V(D)J序列多樣性的...
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生信小白如何半年內(nèi)收到核心期刊的錄用證明順利畢業(yè)?。?！生信小白如何在短短半年收到核心期刊的錄用證明順畢業(yè)！??！ 本人農(nóng)林院校的專碩研究生，學(xué)制2.5年，畢業(yè)要求是一篇核心及以上或者專利。碩士期間課題...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析前準(zhǔn)備——SRA數(shù)據(jù)下載及整理SRA數(shù)據(jù)下載 近期下載SRA數(shù)據(jù)，應(yīng)用linux子系統(tǒng)下載極其不順利。果斷放棄，下面介紹兩種親測好用的辦法。 方法1 windows下使用SR...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析前準(zhǔn)備——基于windows系統(tǒng)搭建生信分析環(huán)境近期嘗試并學(xué)習(xí)docker，同時(shí)為了滿足后期分析數(shù)據(jù)的需求，于是開始探索在個(gè)人PC上搭建生信分析環(huán)境。 先說一下我的電腦配置： 系統(tǒng)的版本是這個(gè)...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析前準(zhǔn)備——參考基因組準(zhǔn)備進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析前，需準(zhǔn)備好參考基因組文件。醫(yī)學(xué)研究中應(yīng)用最多的就是人類、大鼠、小鼠。本文以這三種為主進(jìn)行介紹。 參考基因組的下載可以進(jìn)入ense...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析——原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制（QC）獲得轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（.fastq文件）后的第一步就是對原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制。 目的 質(zhì)量控制的目的是全面查看原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量，內(nèi)容包括堿基質(zhì)量評估、GC...
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RNA-Seq數(shù)據(jù)分析—cutadapt質(zhì)量控制可對fastq數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制的軟件有很多，今天我們先學(xué)習(xí)cutadapt。 安裝 官方幫助文檔 常用參數(shù) 我處理的數(shù)據(jù) 我的數(shù)據(jù)（GSE176...
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生信小白如何在半年收到核心期刊錄用證明順利畢業(yè)?。。。ɑ蚣易宄蓡T的確定）一篇生信家族的文章比較重要的一步是家族成員的確定，所有基本分析和進(jìn)化分析都是基于此。 前面推文提到本人的參考物種是模式植物擬南芥，因此我首先下載...
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生信小白如何在半年收到核心期刊錄用證明順利畢業(yè)！?。。ɑ蚣易宄蓡T進(jìn)化關(guān)系的分析）前面推文所提基本性質(zhì)的分析（理化性質(zhì)，基因染色體分布，基因結(jié)構(gòu)、基序和保守結(jié)構(gòu)域）已完成，進(jìn)一步基因家族成員的進(jìn)化分析可以推測未知基因的功能，也...
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