在我們分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的時(shí)候，想要反映細(xì)胞每一個(gè)特征往往是選擇這個(gè)特征對(duì)應(yīng)的基因，所以一般想要講故事先找基因集。今天，我們就來用正則表達(dá)式來匹配一...
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如何快速地從單細(xì)胞數(shù)據(jù)中觀察HLA基因表達(dá)模式 -
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）22種基因差異分析方法匯總hello，大家好，抓住這一周最后的小尾巴，給大家匯總一下我們單細(xì)胞數(shù)據(jù)尋找差異基因的22種方法，之前我分享的一篇文章10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)...
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copyKAT推斷單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組腫瘤細(xì)胞CNV（自動(dòng)識(shí)別腫瘤normal和tumor）hi，各位，2021年1月份發(fā)表了一篇文獻(xiàn)Delineating copy number and clonal substructure in ...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組-----空間高變基因檢測之SpatialDE今天我們來學(xué)習(xí)一下簡單的基礎(chǔ)知識(shí)，空間高變基因，之前呢，已經(jīng)分享過Seurat內(nèi)置的方法計(jì)算高變基因，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組之基因的空間表達(dá)模式...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）多樣本批次效應(yīng)去除分析之RCA2hello，國慶上班了，不知道大家過的怎么樣，今天我們來分享一個(gè)新的多樣本整合批次去除的好方法，RCA2，很好的方法，文章在RCA2: a sc...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中的秩和檢驗(yàn)與t檢驗(yàn)在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的過程中，尋找差異基因的過程需要用到對(duì)基因統(tǒng)計(jì)的假設(shè)檢驗(yàn)（例如函數(shù)FindAllMarkers中的test.use參數(shù)），我們這...
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10X單細(xì)胞空間分析回顧之SPOTlight一年了，我們都需要總結(jié)，這一篇我們回顧一下SPOTlight，非常好的方法，建議大家也總結(jié)一下，看看2021年，自己都得到了什么。 SPOTli...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）scanpy做多樣本整合的智慧（bbknn）hello，大家好，今天我們來回顧一下，不講新的東西，回顧一下scanpy做10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）多樣本整合的方法，這個(gè)方法跟Seur...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組利用空間位置的個(gè)性化分析小結(jié)今天領(lǐng)導(dǎo)非讓寫微信稿，其實(shí)我是不太想寫的，但是呢，官大一級(jí)壓死人，所以寫的微信稿原版分享給大家，原版是不會(huì)有廣告什么的，純粹就是給大家分享一些好...
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10X單細(xì)胞軌跡分析之回顧清明節(jié)了，放假期間好好放松一下自己，但是我仍然記得大學(xué)老師說過的一句話，放假休息的同時(shí)，總結(jié)過去，展望以后，所以說假期是一個(gè)承前啟后的時(shí)間段，今...
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