第一 我得到的數(shù)據(jù)是nrpm值，處理的方法如下?？紤]了管家基因后的normalization。然后limma做差異分析。 我的問題：能不能使用原...
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MCPcounter實(shí)戰(zhàn)點(diǎn)點(diǎn)滴滴 -
HCC基于immune score的免疫分型Methods： TCGA LIHC是訓(xùn)練集 320例HCC（208個(gè)實(shí)驗(yàn)集，112個(gè)驗(yàn)證集）的RNA-seq CIBERSORT RCS（re...
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「免疫」免疫評(píng)分與基質(zhì)評(píng)分首先會(huì)給大家介紹腫瘤的微環(huán)境，腫瘤微環(huán)境是腫瘤細(xì)胞所處的細(xì)胞環(huán)境，其組成包括細(xì)胞外基質(zhì)、可溶性分子和腫瘤基質(zhì)細(xì)胞。腫瘤微環(huán)境一旦形成，眾多面會(huì)議...
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轉(zhuǎn)錄組分析中的免疫浸潤(rùn)的評(píng)估方法注：本文僅討論轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的免疫浸潤(rùn)評(píng)估。關(guān)于免疫浸潤(rùn)的計(jì)算，其實(shí)有不少綜述進(jìn)行過總結(jié)。筆者看到過2篇發(fā)表于2018年的相關(guān)綜述（雖然現(xiàn)在都20...
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ssGSEA一腔孤勇，攜我至此；一把年紀(jì)，還是幼稚； Goals: 文獻(xiàn)為《Local mutational diversity drives intrat...
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表達(dá)譜分析組織中細(xì)胞組分情況 --- CIBERSORT & xCell腫瘤微環(huán)境是近年來的研究熱點(diǎn)。復(fù)雜而動(dòng)態(tài)的微環(huán)境中，腫瘤細(xì)胞與浸潤(rùn)性免疫細(xì)胞、基質(zhì)細(xì)胞等相互作用，這在促進(jìn)或抑制腫瘤生長(zhǎng)、侵襲、轉(zhuǎn)移以及對(duì)病人臨...
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2020-02-12 Day 25 用CIBERSORT分析腫瘤浸潤(rùn)的免疫細(xì)胞（附代碼）因?yàn)樵诰W(wǎng)上看了一些視頻，然后用數(shù)據(jù)試了一下，發(fā)現(xiàn)一直在運(yùn)行，打開代碼一看，發(fā)現(xiàn)是我看不懂的，也不知道哪錯(cuò)了，在網(wǎng)上搜了半天，不是要錢就是故意給你...
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免疫浸潤(rùn)分析方法信息匯總整理這幾天看的文獻(xiàn)的重要信息。 1. 去卷積方法 CIBERSORT CIBERSORT是2015年在Nature Methods發(fā)表的一個(gè)方法...
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腫瘤相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)資源匯編
Cancer-related Data Resources ArrayMap URL http://www.arraymap.org Wh...
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