RevBayes[https://revbayes.github.io/tutorials/divrate/ebd.html]需要進一步的研究 ...
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譜系速率多樣化BAMM 分析 2025-03-29 -
全基因組水平上NLR pair鑒定
1 NLR pair定義 NLR pair(NLR 功能對)，是在染色體上有著明顯“頭對頭”排列特征，兩個基因協(xié)同調控免疫反應，其中起識別效應蛋...
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選擇壓力分析，從序列下載到結果繪圖選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks...
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提取一下指定區(qū)間的snp
提取一下這個區(qū)間的3K的snp，chr2：1913522-1918048
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基因組組裝、掛載及注釋僅供參考，友善交流 基因組survey jellyfish統(tǒng)計k-mer頻率 組裝 hifiasm組裝 其中：1.-o為輸出文件前綴2.-t表示...
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數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn) | Hi-C數(shù)據(jù)格式轉化Raw contact to .hic → juicer_tools 軟件地址：https://github.com/aidenlab/jui...
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【如何使用Jellyfish進行Kmer頻數(shù)統(tǒng)計分析？】2022年版本
軟件概述 將基因組等序列文件，按長度為K的字符串進行切割、歸類以及頻數(shù)統(tǒng)計。 軟件安裝 軟件版本：2.3.0 軟件使用 可以直接查看幫助文檔：m...
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基因存在或缺失判斷依據(jù)怎么判斷測序樣本的reads與參考基因組比對，每一個基因的CDS區(qū)域與基因主體區(qū)域，如果CDS區(qū)域大于95%且基因主體大于85%的判斷為基因存在...
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泛基因組分析-基本流程代碼以下是自己使用map-to-pan分析泛基因組的部分代碼，僅供參考:統(tǒng)計fasta序列的N50、N90以及最短、最長序列 現(xiàn)在需要篩選大于500...
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