最近有一批轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，其實(shí)不是時(shí)間序列的數(shù)據(jù)，而是從低到高有4個(gè)梯度的Al濃度處理的數(shù)據(jù)，每個(gè)三個(gè)重復(fù)，共有12個(gè)數(shù)據(jù)，想著看一下4個(gè)梯度處理下...
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STEM軟件分析基因表達(dá)模式 -
R - 相關(guān)性分析相關(guān)性分析用于評(píng)估兩個(gè)或多個(gè)變量之間的關(guān)聯(lián)性。 1. 兩個(gè)變量的相關(guān)性分析 參數(shù)相關(guān)性檢驗(yàn)( parametric correlation ) ...
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R語言subset()函數(shù)取子集無法改變因子水平數(shù)
R語言中使用subset()和while取子集，你會(huì)發(fā)現(xiàn)子集的因子水平數(shù)沒有改變。那么問題來了，對(duì)子集用table()怎么才能去掉未使用的因子？...
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「r<-包|ggplot2|grid」ggplotify——連接各類R圖形在作圖的時(shí)候想拼接不同的圖形對(duì)象，如pheatmap 包的熱圖、ggplot2 對(duì)象以及 base 圖形等。 這里找到了Y叔的ggplotify...
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轉(zhuǎn)錄組分析——如何尋找差異基因中的中樞基因（hubgene）一、前言 好久沒更新過文章啦，今天我們來聊一聊怎么找hubgene。 二、常見的尋找hubgene方法 我們?nèi)绻芯恳粋€(gè)疾病，通常會(huì)做一個(gè)疾病...
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ggplot2高效實(shí)用指南寫在前面 ggplot2 是一個(gè)功能強(qiáng)大且靈活的R包 ，由Hadley Wickham 編寫，其用于生成優(yōu)雅的圖形。ggplot2中的gg 表...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉(zhuǎn)錄組R包寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, Q...
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Bioconductor沒想象的那么簡單(part3)劉小澤寫于19.4.2主要看看IRanges的基本用法 上次寫了關(guān)于RangeData的介紹：http://www.itdecent.cn/p...
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R繪制韋恩圖
目前做Venn圖的R包中，VennDiagram是常用的包，可以做2元到5元的圖。下面介紹一下2元到5元venn圖的做法。 1 安裝包 2 數(shù)據(jù)...
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淺探富集分析中的超幾何分布當(dāng)我們從測序數(shù)據(jù)中得到了一系列的基因后，我們需要研究這些基因都屬于那些通路，那些通路是跟我們研究課題相關(guān)的。為了解決這一問題，最常用的做法就是做...
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