通過前期的分析，我們確定了感興趣的module，但是module中又含有幾十甚至上百的基因，下一步需要進(jìn)一步篩選hub gene。 WGCNA（...
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WGCNA（6）：篩選 hub gene -
mRNA-seq學(xué)習(xí)（一）：基因差異表達(dá)分析和GO注釋數(shù)據(jù)來源：Cytosolic acetyl-CoA promotes histone acetylationpredominantly at H...
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轉(zhuǎn)錄組差異分析金標(biāo)準(zhǔn)-Limma-voom實戰(zhàn)劉小澤寫于19.3.11Limma作為差異分析的“金標(biāo)準(zhǔn)”最初是應(yīng)用在芯片數(shù)據(jù)分析中，voom的功能是為了RNA-Seq的分析產(chǎn)生的。詳細(xì)探索一...
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GO和Pathway富集分析的背景基因集
功能(GO)或者通路(Pathway)富集分析時，都會涉及到 Background; 做分析時，分析工具會提供一些數(shù)據(jù)供使用者選擇或者使用自定義...
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RNA-seq(4):下載參考基因組及基因注釋1.在 UCSC 下載 hg19 參考基因組；2.從 gencode 數(shù)據(jù)庫下載基因注釋文件，并且用 IGV 去查看感興趣的基因的結(jié)構(gòu)，比如TP...
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基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說明基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說明 簡介 MCScanX工具集對MCScan算法進(jìn)行了調(diào)整，用于檢測共線性和同線性區(qū)域，還增加了可視化和下游...
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「基因組學(xué)」使用CAFE進(jìn)行基因家族擴(kuò)張收縮分析環(huán)境準(zhǔn)備 安裝軟件: 參考「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder，然后再安裝CAFE 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備...
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非模式生物基因GO富集分析：以水稻為例
模式生物做什么都簡單，非模式生物則很多缺少注釋，沒有注釋你就沒法做，只能是借助于各種軟件比如blastgo，自己跑電子注釋。但今天要講的不是這種...
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非模式物種GO/KEGG富集分析前言:微博參與話題 #給你四年時間你也學(xué)不會生信# 先前的富集分析教程[1]主要是以模式物種人為例子，展開的分析，今天在B站看了孟浩巍視頻教程[...
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