科研狗對美的追求是永無止境的。為了一張好看的實(shí)驗結(jié)果圖，那是赴湯蹈火，在所不惜。下面就跟大家介紹一個美化進(jìn)化樹的利器——iTOl。本文主要向大...
投稿
收錄了13篇文章 · 7人關(guān)注
-
進(jìn)化樹美化利器iTOL -
-
文獻(xiàn)解讀（一）：植物基因組文獻(xiàn)前言 小編要分享的這篇文章是2020年10月19發(fā)表在Nature Communications雜志上，很榮幸征得作者本人（北京林業(yè)大學(xué)林木...
-
如何獲得cafe所需要的過濾后的基因家族基因數(shù)目文件
Orthofinder產(chǎn)生的Orthogroups.GeneCount.tsv不能直接作為CAFE軟件的輸入文件，需要做如下處理：filter_...
-
物種進(jìn)化樹構(gòu)建
使用單拷貝基因畫物種進(jìn)化樹 所需軟件： 步驟： python 腳本更改物種蛋白序列的ID 2)更改各個物種蛋白庫文件的名字，與序列ID的名字前半...
-
2019-11-02OrthoFinder-----示例畫系統(tǒng)發(fā)育樹(二)
由OrthoFinder軟件可產(chǎn)生大量的分析結(jié)果，用于多種分析，下面介紹用產(chǎn)生的文件畫系統(tǒng)發(fā)育樹。 1.基因樹(Gene Trees) 根據(jù)每個...
-
OrthoFinder2—同源蛋白家族聚類尋找同源蛋白家族用的比較多的是Orthomcl，但是該軟件多年前已經(jīng)停止更新，且使用的時候需要安裝和使用MySQL，操作起來比較繁瑣。因...
-
基因家族擴(kuò)增與收縮（2）
使用cafe軟件，和orthofinder聚類結(jié)果進(jìn)行基因家族擴(kuò)增與收縮分析。 在這里我們已經(jīng) 得到了四個結(jié)果文件summary_pub.txt...
-
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（下）最近剛返校，事情比較多，每天也很忙，之前寫的《基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）》也一直沒來得及更新，缺少cafe輸出結(jié)果的解讀及后面...
-
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1958346/OrthoFinder.png', '推薦專題《OrthoFinder 基因擴(kuò)張與收縮分析》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/9c26d968a5ca?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}