該錯(cuò)誤其實(shí)是Rlibrary的問(wèn)題,設(shè)置linux共享庫(kù)位置配置(LD_LIBRARY_PATH環(huán)境變量的錯(cuò)誤)完整錯(cuò)誤如下: Error in...
根據(jù)gff和基因組文件提取最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本有很多工具,但發(fā)現(xiàn)沒(méi)有一個(gè)適合我的,因?yàn)槟切┕ぞ哂懈鞣N輸入文件限制,例如GetTransTool[https...
這篇專(zhuān)為南農(nóng)張峰老師組的系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)的PLWS pipeline[https://github.com/xtmtd/PLWS]而出一個(gè)特定b...
當(dāng)服務(wù)器上沒(méi)有可視化的Rstudio時(shí),又不想把文件傳下來(lái)運(yùn)行,則需要在服務(wù)器上安裝相關(guān)R包 一般R的安裝最好用conda安裝:conda in...
基因家族的擴(kuò)張收縮分析中,基于單個(gè)物種的的擴(kuò)張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集;但如果分析某個(gè)祖先節(jié)點(diǎn)的擴(kuò)張收縮分析情況,背景基因...
一個(gè)很有意思的小腳本,現(xiàn)在寫(xiě)腳本的思路越來(lái)越偏向高效化了。兩個(gè)小技巧:1. 這里用python寫(xiě)文件的話運(yùn)行速度會(huì)慢很多,因此用subproce...
前面提到了可以根據(jù)樹(shù)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)生成一系列與物種樹(shù)一致的基因樹(shù)[http://www.itdecent.cn/p/70107400b233];但...
首先根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育分析我們得到一個(gè)物種樹(shù)文件, 對(duì)每個(gè)單拷貝基因進(jìn)行正選擇或適應(yīng)性趨同分析,需要輸入基因樹(shù)。因此,我們根據(jù)genelist和物種樹(shù)...