學習筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學<br>
IP屬地：四川
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shell服務器中安裝R包出現(xiàn)Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 問題時
該錯誤其實是Rlibrary的問題，設置linux共享庫位置配置(LD_LIBRARY_PATH環(huán)境變量的錯誤）完整錯誤如下： Error in dyn.load(file,...
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一個簡易版提取最長轉(zhuǎn)錄本的方法根據(jù)gff和基因組文件提取最長轉(zhuǎn)錄本有很多工具，但發(fā)現(xiàn)沒有一個適合我的，因為那些工具有各種輸入文件限制，例如GetTransTool[https://pypi.org/pro...
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BUSCO v3版本的安裝教程
這篇專為南農(nóng)張峰老師組的系統(tǒng)發(fā)育基因組學的PLWS pipeline[https://github.com/xtmtd/PLWS]而出一個特定busco v3.0.1版本安裝...
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R install packages on linux當服務器上沒有可視化的Rstudio時，又不想把文件傳下來運行，則需要在服務器上安裝相關R包 一般R的安裝最好用conda安裝：conda install R 接下來是安裝R...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的擴張收縮分析中，基于單個物種的的擴張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集；但如果分析某個祖先節(jié)點的擴張收縮分析情況，背景基因集的選擇很重要：CAFE分析時...
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過濾序列比對長度較短的文件
一個很有意思的小腳本，現(xiàn)在寫腳本的思路越來越偏向高效化了。兩個小技巧：1. 這里用python寫文件的話運行速度會慢很多，因此用subprocess調(diào)用shell腳本會更快。...
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批量修改基因文件里的基因名
前面提到了可以根據(jù)樹的拓撲結(jié)構(gòu)生成一系列與物種樹一致的基因樹[http://www.itdecent.cn/p/70107400b233]；但其實也可以用同一個物種樹，然后...
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Paml分析過程中根據(jù)Othogroups信息和物種樹生成對應的基因樹
首先根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育分析我們得到一個物種樹文件， 對每個單拷貝基因進行正選擇或適應性趨同分析，需要輸入基因樹。因此，我們根據(jù)genelist和物種樹文件，生成一系列基因樹文件。 ...
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用clusterProfile進行非模式物種且沒有參考基因組的GO和KEGG富集分析
新組裝的基因組并沒有上傳和生成RefSeq基因組信息。而且一系列需要or.db或者構(gòu)建or.db的步驟嘗試構(gòu)建數(shù)據(jù)庫都不成功，要么缺乏物種信息，要么缺乏gene symbol...
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CAFE輸出結(jié)果整理2——提取特定Orthogroups里某個物種的基因名
比較基因組分析很多時候都是用OrthoFinder生成的Orthogroups來進行分析，然后得到一系列OG的ID，對于不同的物種，我們還需要在orthogroup里找到對應...
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CAFE輸出結(jié)果整理1cafe輸出結(jié)果是很難整理的，雖然有腳本輸出了各個物種的基因家族擴張收縮結(jié)果，每個物種是用數(shù)字代替的，而且結(jié)果都整合到一起了，現(xiàn)在需要單獨提取某一段關于特定物種的情況，如圖所...
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安裝tables包遇到的問題
partitionfinder2是使用python2編寫的，因此安裝它的依賴包必須都是python2版本的，其中tables就是一個安裝比較困難的包，在PYPI中找到tabl...
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根據(jù)上一行的ID增加到下一行缺失ID的元素中基因組上傳中遇到的問題之一:In annotation file, each features should have ID information in the ninth...
