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shell服務(wù)器中安裝R包出現(xiàn)Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 問題時(shí)
該錯(cuò)誤其實(shí)是Rlibrary的問題，設(shè)置linux共享庫位置配置(LD_LIBRARY_PATH環(huán)境變量的錯(cuò)誤）完整錯(cuò)誤如下： Error in...
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一個(gè)簡易版提取最長轉(zhuǎn)錄本的方法根據(jù)gff和基因組文件提取最長轉(zhuǎn)錄本有很多工具，但發(fā)現(xiàn)沒有一個(gè)適合我的，因?yàn)槟切┕ぞ哂懈鞣N輸入文件限制，例如GetTransTool[https...
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BUSCO v3版本的安裝教程
這篇專為南農(nóng)張峰老師組的系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)的PLWS pipeline[https://github.com/xtmtd/PLWS]而出一個(gè)特定b...
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R install packages on linux當(dāng)服務(wù)器上沒有可視化的Rstudio時(shí)，又不想把文件傳下來運(yùn)行，則需要在服務(wù)器上安裝相關(guān)R包 一般R的安裝最好用conda安裝：conda in...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的擴(kuò)張收縮分析中，基于單個(gè)物種的的擴(kuò)張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集；但如果分析某個(gè)祖先節(jié)點(diǎn)的擴(kuò)張收縮分析情況，背景基因...
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過濾序列比對長度較短的文件
一個(gè)很有意思的小腳本，現(xiàn)在寫腳本的思路越來越偏向高效化了。兩個(gè)小技巧：1. 這里用python寫文件的話運(yùn)行速度會(huì)慢很多，因此用subproce...
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批量修改基因文件里的基因名
前面提到了可以根據(jù)樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)生成一系列與物種樹一致的基因樹[http://www.itdecent.cn/p/70107400b233]；但...
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Paml分析過程中根據(jù)Othogroups信息和物種樹生成對應(yīng)的基因樹
首先根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育分析我們得到一個(gè)物種樹文件， 對每個(gè)單拷貝基因進(jìn)行正選擇或適應(yīng)性趨同分析，需要輸入基因樹。因此，我們根據(jù)genelist和物種樹...