cirRNA是非編碼RNA中的一大類，它由一種非經(jīng)典剪接方式——反向剪接(backsplicing)產(chǎn)生；當(dāng)反向剪接發(fā)生時(shí)，下游剪接位點(diǎn)與上游剪...
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【circRNA】circRNA簡(jiǎn)介（1） -
【circRNA】circRNA的鑒定通過spliced reads的mapping能發(fā)現(xiàn)線性RNA和環(huán)狀RNA的剪切方式不同。一個(gè)是正常的5’/3’前后剪切，一個(gè)是反向的5’/3’...
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【circRNA】circRNA鑒定-find_circ篇Find_circ工具是最早利用高通量測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA的開山鼻祖。該工具是Memczak等人2013年在權(quán)威Nature雜志上發(fā)表題為“C...
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【circRNA】circRNA鑒定-CIRI2篇circRNA的生信分析根據(jù)鑒定的方法不同可以分為以下兩種： split-alignment-based approaches：針對(duì)內(nèi)含子驅(qū)動(dòng)模...
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【circRNA】circRNA的定量-CIRIquant篇環(huán)形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的具有特殊環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子。已有文獻(xiàn)表明，在生物體內(nèi)，環(huán)形RNA有著miRNA海綿、RBP海綿以及...
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環(huán)狀RNA分析下游看了一圈，好像沒有環(huán)狀RNA分析的下游 CircRNAprofiler 是一個(gè)基于 R 的框架，只需要 R 安裝，并提供15個(gè)模塊，用于對(duì) ci...
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【circRNA】circRNA鑒定-CIRCexplorer2篇今天測(cè)試另一個(gè)環(huán)狀RNA預(yù)測(cè)的重要軟件——CIRCexplorer2。該軟件是由中國(guó)科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所陳玲玲研究...
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獲取TCGA中miRNA成熟體表達(dá)
前言：這個(gè)帖子本應(yīng)該在2018年就要寫完的，有個(gè)網(wǎng)友甚至當(dāng)時(shí)加了我微信給了50塊錢我都沒有給他一個(gè)代碼版。在這里希望這個(gè)網(wǎng)友能看到，對(duì)得起你的5...
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方便快捷的smallRNA數(shù)據(jù)分析流程前言 ??今天來跟大家分享一個(gè)smallRNA的分析流程——sRNAnalyzer[http://srnanalyzer.systemsbiol...
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RNA相互作用神器——ENCORI
ENCORI(The Encyclopedia of RNA Interactomes，http://starbase.sysu.edu.cn/...
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