背景介紹 verkko是一個最新的可以應(yīng)用于二倍體基因組T2T（telomere-to-telomere）級別的基因組組裝的組裝軟件。 2022...
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用verkko組裝基因組
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生信步驟|kmc+genomescope進(jìn)行基因組調(diào)查在組裝未知基因組時，往往需要利用重測序數(shù)據(jù)提前進(jìn)行基因組調(diào)查，以獲取其基因組規(guī)模，雜合率，重復(fù)序列比例，GC含量等信息。從而更好地擬定后繼測序策...
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BUSCO多樣本作圖BUSCO的原理及安裝使用可參考：BUSCO - 組裝質(zhì)量評估 - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jianshu.c...
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十一. 葉綠體基因組 SNP Calling （bwa, samtools, picard, bcftools, plink）前言 最近分析葉綠體基因組，進(jìn)行SNP Calling，網(wǎng)上搜到生信藥丸[http://www.itdecent.cn/u/068665394...
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【動植物研究動態(tài)】2022年1-3月收藏的文獻(xiàn)
微信收藏夾中的文獻(xiàn)解讀，只整理出今年2022年已收藏的部分文獻(xiàn)，之前的太多，不列了。后續(xù)計劃每周更一次，自己會看得更認(rèn)真點，解讀更詳細(xì)些。 Na...
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人類參考基因組一、人類參考基因組的來源 1、人類基因組計劃 1）2001年草圖，繪制人類基因組圖譜 2、數(shù)據(jù)庫的名稱 1）UCSC：hg19，hg38 2）N...
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【動植物研究動態(tài)】20220313文獻(xiàn)摘選
Hortic Res | 中國醫(yī)科院藥植所盧善發(fā)：藥用植物北馬兜鈴染色體水平的基因組圖譜[https://mp.weixin.qq.com/s/...
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富集分析結(jié)果雷達(dá)圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)...
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基因注釋：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本為3.01.04 第一輪：將已知基因比對到基因組 包括兩個部分：??屏蔽重復(fù)序列??將已知的轉(zhuǎn)錄組/蛋白序列與基因組進(jìn)行比對 ...
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