背景介紹
verkko是一個最新的可以應(yīng)用于二倍體基因組T2T（telomere-to-telomere）級別的基因組組裝的組裝軟件。
2022年9月14號李恒在主題為PacBio HiFi數(shù)據(jù)組裝及應(yīng)用的在線會議上提到過，“目前為止verkko可能是比hifiasm效果更佳的組裝二倍體T2T基因組的軟件。”
那它為什么這么厲害呢？
根據(jù)GitHub的介紹，verkko是一個混裝PacBio HiFi和ONT數(shù)據(jù)的基因組組裝軟件，基于Canu的糾錯模塊將PacBio HiFi reads糾錯后建立multiplex de Bruijn圖, 再將ONT序列對齊(align)到圖上，逐步解決循環(huán)和纏結(jié)的區(qū)域，最終用Canu的consensus模塊得出最終結(jié)果。
所以，如果你想最大限度地發(fā)揮verkko的能力，首先你得有PacBio HiFi reads和ONT數(shù)據(jù)（也許還得是ultra long ONT才行）。
作為一個非常state-of-art的軟件，verkko當(dāng)然也是支持在大型集群上運(yùn)行的，不管是SGE, Slurm 還是LSF的作業(yè)系統(tǒng)它都是支持滴~ 另外，verkko還支持trio-based phasing ，不過要先用rukki和merqury這兩個軟件先處理后才能輸入給verkko。
軟件安裝
讓我們再次感謝conda的方便~
conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults verkko
軟件運(yùn)行
由于我只有PacBio HiFi數(shù)據(jù)，所以就跑個純hifi的試試水
verkko -d /path/to/verkko \
--hifi test1.hifi_reads.fastq.gz \
test2.hifi_reads.fastq.gz \
test3.hifi_reads.fastq.gz \
--no-correction \
--no-nano \
--threads 20 \
--local \
--local-memory 100 \
--local-cpus 20
可用資源
bioRxiv文章：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.06.24.497523v1
GitHub地址：https://github.com/marbl/verkko
一個無用的小知識
Verkko is Finnish for net, mesh and graph.
Verkko在芬蘭語中是網(wǎng)、網(wǎng)格和圖形的意思。
私貨時間
- 可以說verkko是一個所圖甚大的基因組組裝軟件，是標(biāo)準(zhǔn)的
state-of-art technology。 - 有錢真的可以為所欲為。
