引言 本文[https://stuartlab.org/signac/articles/snareseq]將帶您分析一個(gè)單細(xì)胞聯(lián)合檢測(cè)數(shù)據(jù)集，該...
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聯(lián)合 RNA 和 ATAC 分析：SNARE-seq -
ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動(dòng)態(tài)變化的。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時(shí)，結(jié)合變得...
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Chip-Seq&ATAC-Seq 測(cè)序分析流程--上游寫(xiě)在前面 這里我將chip-seq&ATAC-Seq的分析分為了上游和下游兩個(gè)模塊，但是都只是介紹了常規(guī)的分析流程。因此，在面對(duì)具體課題的下游分...
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Genrich：ATAC-seq,ChIP-seq 差異富集peak calling分析工具教程
Genrich介紹 Genrich 是一個(gè)用于從高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中識(shí)別基因組區(qū)域的顯著富集（即peak calling）的生物信息學(xué)工具。它主要用...
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Nature Genetics | 全基因組篩選鑒定染色質(zhì)開(kāi)放性調(diào)控因子【導(dǎo)語(yǔ)】 2024年2月15日，來(lái)自日本Kanazawa University的Yusuke Miyanari課題組在《Nature Genet...
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個(gè)性化ChIPseeker注釋peak結(jié)果，基因 or 功能區(qū)類型隨心選，好用的腳本等你來(lái)取??ChIP-seq、ATAC-seq等獲取到基因組范圍內(nèi)的peak后，需要對(duì)其進(jìn)行基因注釋以便進(jìn)行后續(xù)的分析。ChIPseeker做為peak...
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生信分析7：如何利用ATAC-seq數(shù)據(jù)鑒定轉(zhuǎn)錄因子活性前一篇推送解讀了2022年發(fā)表在DC上的關(guān)于擬南芥再生的文章。文章種利用TOBIAS鑒定了轉(zhuǎn)錄因子的活性。本次推送將介紹這款軟件的原理及使用。 ...
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【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】三、比對(duì)與Peaks Calling這里是佳奧！我們繼續(xù)clean數(shù)據(jù)的比對(duì)。 1 使用bowtie2進(jìn)行比對(duì) 用bowtie2進(jìn)行比對(duì)和統(tǒng)計(jì)比對(duì)率, 需要提前下載參考基因組然后使...
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單細(xì)胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理一直以來(lái)都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩陣的關(guān)系，本文就來(lái)梳理一下scAT...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析寫(xiě)在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時(shí)候感覺(jué)是浪費(fèi)時(shí)間，但是在寫(xiě)的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到...
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