要說尋找公共芯片測序數(shù)據(jù)大家都知道上 GEO 查找,其實 EBI 也有個叫 ArrayExpress 的網(wǎng)站(網(wǎng)址ArrayExpress < ...
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要說尋找公共芯片測序數(shù)據(jù)大家都知道上 GEO 查找,其實 EBI 也有個叫 ArrayExpress 的網(wǎng)站(網(wǎng)址ArrayExpress < ...
之前在twitter上看見一個老哥開發(fā)了一個網(wǎng)站 sra-explorer,大致意思就是能夠解析你輸入的SRA號,比如說GSEXXX,SRPXX...
寫在前面 伴隨高通量測序技術(shù)的普及,海量的測序數(shù)據(jù)被產(chǎn)生并上傳到網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫,如NCBI SRA。我們每個人都可以很輕易地獲得這些數(shù)據(jù),并用于有生...
現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快,請閱讀都8102年了,還用fastq-dump,快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都...
每次在SRA上面下數(shù)據(jù)都要打命令,太煩了,于是自己寫了個小shell腳本,能夠快速地下載并解壓SRA數(shù)據(jù),方便使用。 主程序如下 downloa...
上傳數(shù)據(jù)時發(fā)現(xiàn)一個有趣的問題,自己不知道數(shù)據(jù)來自于哪個illumina的哪個測序平臺,所以整理下如何根據(jù)FASTQ的標識行分析測序數(shù)據(jù)的來源 F...
健明大神說過若是想學(xué)會使用R包,就去看那個包的說明書,因此去學(xué)習(xí)了GEOquery包說明書。翻譯不當之處請去看原文。文章來源:http://ww...
來源:http://www.bio-info-trainee.com/3750.html答案:https://github.com/jmzeng...
前言 實驗室最近有一批數(shù)據(jù)在發(fā)表文章之前需要上傳到GEO Gene Expression Omnibus。所以記錄下上傳數(shù)據(jù)的流程給大家借鑒。 ...
還在羨慕海峽那邊的朋友下載SRA 快到飛起?還在難過用wget 下載數(shù)據(jù)經(jīng)常下載不完整?用了官方的下載工具還是慢的不行?這里有一個SRA 下載自...