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TCGA FPKM 轉(zhuǎn)化為 TPM
FPKM 一般來(lái)說(shuō)不太好用，轉(zhuǎn)為TPM進(jìn)行后續(xù)的分析比較合適。下面是FPKM轉(zhuǎn)化為TPM的R實(shí)現(xiàn)： 參考： RNA-Seq的Counts和FPK...
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Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R
前言 因?yàn)橐郧暗姆治隽鞒桃赟hell 和 R 之間切換，然后可控性還差，有點(diǎn)煩，正好最近有點(diǎn)數(shù)據(jù)要分析，干脆就重新建立一個(gè) all in on...
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多個(gè)fasta文件中去除重復(fù)序列
前言 需求：N個(gè)fasta文件，里面的序列可能有大量的重復(fù)，但是其header并不一定相同，需要把他們合并并去重。 方法一 首先用cat命令將他...
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比較兩個(gè)fasta文件是否相同
前言 最近碰到一個(gè)需求，比較兩個(gè)fasta文件的所有序列是否一樣，但是其名字無(wú)所謂是否相同，于是想了一個(gè)比較簡(jiǎn)單的辦法，shell下面直接可以完...
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各種實(shí)驗(yàn)圖像的定量方法劃痕實(shí)驗(yàn) 使用imageJ插件：Wound Healing Tool 下載地址 http://dev.mri.cnrs.fr/attachmen...
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IGV導(dǎo)出SVG圖片導(dǎo)入到AI里的方法
前言 從IGV里導(dǎo)出矢量圖格式SVG，雖然可以直接用chrome查看，但是用AI打開編輯時(shí)會(huì)報(bào)錯(cuò)，并只剩下框架，沒(méi)有各個(gè)tracks，如下圖： ...
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用R繪制五元的Upset圖和Venn圖并繪制文本表前言 很多時(shí)候，韋恩圖只適合在維數(shù)較低的時(shí)候使用，一旦集合多了，看起來(lái)會(huì)很復(fù)雜，可視性比較差，這個(gè)時(shí)候就需要用到upset圖，雖然看起來(lái)沒(méi)那么酷...
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VPS自動(dòng)運(yùn)行frps
由于國(guó)外超便宜的VPS總是自己重啟，搞得我frps總要斷，弄了一下crontab+小腳本自動(dòng)檢測(cè) 小腳本 crontab
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將ICGC的基因表達(dá)數(shù)據(jù)處理成表達(dá)矩陣（perl）小程序的目的 最近在搞ICGC的數(shù)據(jù)庫(kù)，想作為TCGA數(shù)據(jù)挖掘的驗(yàn)證集，然后發(fā)現(xiàn)ICGC下下來(lái)的數(shù)據(jù)不能夠直接用于分析，于是寫個(gè)小的perl處理...