看代碼這是將空值直接寫為0值？這樣會不會直接了？為何不用填補(bǔ)缺失值的方法進(jìn)行填缺？
IP屬地：德克薩斯州
-
-
更新R和R包
三個月前R 4.0版本就已經(jīng)正式上線了，之前怕麻煩就一直沒更新，而現(xiàn)在由于要用到新版本的R包，才想起順便一起更新了R。 目前在官網(wǎng)上的最新版R是2020-06-22的4.0....
-
TCGA FPKM 轉(zhuǎn)化為 TPM
FPKM 一般來說不太好用，轉(zhuǎn)為TPM進(jìn)行后續(xù)的分析比較合適。下面是FPKM轉(zhuǎn)化為TPM的R實(shí)現(xiàn)： 參考： RNA-Seq的Counts和FPKM數(shù)據(jù)如何轉(zhuǎn)換成TPM？[ht...
-
用clusterProfiler做GSEA（一）GSEA的介紹：https://www.omicsclass.com/article/230GSEA有相應(yīng)的軟件，其實(shí)clusterProfiler除了做go term 富集...
-
@小啵_3cbf 沒有噢，自己嘗試吧
將ICGC的基因表達(dá)數(shù)據(jù)處理成表達(dá)矩陣（perl）
小程序的目的 最近在搞ICGC的數(shù)據(jù)庫，想作為TCGA數(shù)據(jù)挖掘的驗(yàn)證集，然后發(fā)現(xiàn)ICGC下下來的數(shù)據(jù)不能夠直接用于分析，于是寫個小的perl處理了一下，能夠分別輸出標(biāo)準(zhǔn)化過的...
-
@歸鶴鳴 甲基化的數(shù)據(jù)我沒有太關(guān)注，你可以自己適當(dāng)修改代碼
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學(xué)習(xí)筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學(xué)習(xí)一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...
-
用melt啊，具體用法摸索一下就知道了，挺簡單的
將ICGC的基因表達(dá)數(shù)據(jù)處理成表達(dá)矩陣（perl）
小程序的目的 最近在搞ICGC的數(shù)據(jù)庫，想作為TCGA數(shù)據(jù)挖掘的驗(yàn)證集，然后發(fā)現(xiàn)ICGC下下來的數(shù)據(jù)不能夠直接用于分析，于是寫個小的perl處理了一下，能夠分別輸出標(biāo)準(zhǔn)化過的...
-
@caumine 學(xué)習(xí)了????
Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R
前言 因?yàn)橐郧暗姆治隽鞒桃赟hell 和 R 之間切換，然后可控性還差，有點(diǎn)煩，正好最近有點(diǎn)數(shù)據(jù)要分析，干脆就重新建立一個 all in one 的流程，方便以后使用。 運(yùn)...
-
@qiuqiu0816 Rstudio
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學(xué)習(xí)筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學(xué)習(xí)一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...
-
Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R
前言 因?yàn)橐郧暗姆治隽鞒桃赟hell 和 R 之間切換，然后可控性還差，有點(diǎn)煩，正好最近有點(diǎn)數(shù)據(jù)要分析，干脆就重新建立一個 all in one 的流程，方便以后使用。 運(yùn)...
-
「代碼記錄」WGCNA篇Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代碼，實(shí)現(xiàn)了導(dǎo)出gene2module 目的 最近有個項(xiàng)目又準(zhǔn)備跑WGCNA，之前跑通過一個，然后很久沒碰，...
-
是的
用隨機(jī)森林算法進(jìn)一步篩選差異表達(dá)基因
前言 很多時(shí)候，我們分析完差異表達(dá)基因后，發(fā)現(xiàn)會得到一大堆差異基因，常見的做法有降低Pvalue的閾值，挑選fold-change最大的基因，做通路富集然后挑重要通路上的基因...
-
@研平方 我的解決方式就是取交集，其他舍棄
將ICGC的基因表達(dá)數(shù)據(jù)處理成表達(dá)矩陣（perl）
小程序的目的 最近在搞ICGC的數(shù)據(jù)庫，想作為TCGA數(shù)據(jù)挖掘的驗(yàn)證集，然后發(fā)現(xiàn)ICGC下下來的數(shù)據(jù)不能夠直接用于分析，于是寫個小的perl處理了一下，能夠分別輸出標(biāo)準(zhǔn)化過的...
-
是網(wǎng)絡(luò)問題吧。。
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學(xué)習(xí)筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學(xué)習(xí)一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...
-
試一下添加參數(shù)summarizedexpriment = F
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學(xué)習(xí)筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學(xué)習(xí)一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...
-
@浮云O_o 看來是bug fixed 了
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學(xué)習(xí)筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學(xué)習(xí)一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...