三個(gè)月前R 4.0版本就已經(jīng)正式上線了，之前怕麻煩就一直沒(méi)更新，而現(xiàn)在由于要用到新版本的R包，才想起順便一起更新了R。 目前在官網(wǎng)上的最新版R是2020-06-22的4.0....
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更新R和R包
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用clusterProfiler做GSEA（一）GSEA的介紹：https://www.omicsclass.com/article/230GSEA有相應(yīng)的軟件，其實(shí)clusterProfiler除了做go term 富集...
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「代碼記錄」WGCNA篇Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代碼，實(shí)現(xiàn)了導(dǎo)出gene2module 目的 最近有個(gè)項(xiàng)目又準(zhǔn)備跑WGCNA，之前跑通過(guò)一個(gè)，然后很久沒(méi)碰，...
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單細(xì)胞Seurat包升級(jí)之2,700 PBMCs分析（下）劉小澤寫于19.8.19主要介紹官方教程PBMC 3K的下游分析（https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html...
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10X單細(xì)胞測(cè)序分析軟件:Cell ranger單細(xì)胞測(cè)序有著漫長(zhǎng)的過(guò)去，卻只有短暫的歷史---誰(shuí)說(shuō)的！ 說(shuō)她漫長(zhǎng)是因?yàn)榈饺缃褚灿惺畮啄甑臍v史了，說(shuō)她段短暫是因?yàn)獒槍?duì)單細(xì)胞的分析工具越來(lái)越有意義開(kāi)發(fā)周期卻越來(lái)越短。一般生物...
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單細(xì)胞綜述之整合分析文章發(fā)表于nature review genetics：Integrative single- cell analysis，作者是Tim Stuart與Rahul Satij...
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2018-08-29用R分析蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)（1）：數(shù)據(jù)獲取和清洗R在RNAseq和基因組關(guān)注的比較多，在蛋白質(zhì)組研究中雖然用的多，但是專門的博客和文章比較少，轉(zhuǎn)載一個(gè)蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的文章。原文見(jiàn)https://datasciencep...
