發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：黑龍江
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軟件17 —— DiffBind
一、 基本介紹 DiffBind是鑒定兩個(gè)樣本間差異結(jié)合位點(diǎn)的一個(gè)R包。主要用于peak數(shù)據(jù)集，包括對(duì)peaks的重疊和合并的處理，計(jì)算pea...
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軟件16 —— ChIPseeker
一、 基本介紹 ChIPseeker可以用來(lái)對(duì)ChIP-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋與可視化。 二、 使用方法 (1) 安裝并載入R包 (2) bed...
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軟件15 —— exomePeak2
一、 基本介紹 exomePeak2使用bam文件進(jìn)行peak calling以及peak統(tǒng)計(jì)，它整合了meRIP-seq數(shù)據(jù)分析的常規(guī)分析內(nèi)...
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軟件14 —— IGV一、 基本介紹 IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因組瀏覽器。支持BAM、SAM、GOBY...
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軟件13 —— rMATS一、 基本介紹 rMATS是一款對(duì)RNA-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行差異可變剪切分析的軟件。其通過(guò)rMATS統(tǒng)計(jì)模型對(duì)不同樣本（有生物學(xué)重復(fù)的）進(jìn)行可變剪...
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軟件12 —— bcftools一、 基本介紹 VCF格式（Variant Call Format）是存儲(chǔ)變異位點(diǎn)的標(biāo)準(zhǔn)格式，用于記錄variants（SNP / InDel...
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軟件11 —— deeptools一、 基本介紹 deeptools是基于Python開(kāi)發(fā)的一套工具，用于處理諸如RNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq、ATAC...
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軟件10 —— HOMER和bedtools一、 基本介紹 HOMER（Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment），用于Motif的...
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軟件9 —— MACS2
一、 基本介紹 ※ 峰識(shí)別（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（適用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRA...