@定閱號 https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/limma/man/limma.pdf
困擾的batch effect一、什么是批次效應(yīng) 批次效應(yīng)（batch effect），表示樣品在不同批次中處理和測量產(chǎn)生的與試驗期間記錄的任何生物變異無關(guān)的技術(shù)差異。批次效應(yīng)是高通量試驗中常見的變異來源...
@定閱號 在官方的Reference Manual文檔里
困擾的batch effect一、什么是批次效應(yīng) 批次效應(yīng)（batch effect），表示樣品在不同批次中處理和測量產(chǎn)生的與試驗期間記錄的任何生物變異無關(guān)的技術(shù)差異。批次效應(yīng)是高通量試驗中常見的變異來源...
@Tilion 是的
DESeq2詳細用法1.構(gòu)建DESeq2對象 （1）從SummarizedExperiment對象構(gòu)建DESeqDataSet對象 se為RangedSummarizedExperiment對象...
@Toomshots 用fastqc檢測出來的
遇到了一次colorspace的測序數(shù)據(jù)目前已經(jīng)是我接觸生物信息學(xué)的第四年了，這里的內(nèi)容由于學(xué)業(yè)壓力也很久沒有更新，現(xiàn)在可以趁著寒假的空閑時間寫一寫最近遇到的東西。我通常處理的都是RNA-seq數(shù)據(jù)，也全是來自il...
一、 基本介紹 DiffBind是鑒定兩個樣本間差異結(jié)合位點的一個R包。主要用于peak數(shù)據(jù)集，包括對peaks的重疊和合并的處理，計算peaks重復(fù)間隔的測序reads數(shù)...
一、 基本介紹 ChIPseeker可以用來對ChIP-seq數(shù)據(jù)進行注釋與可視化。 二、 使用方法 (1) 安裝并載入R包 (2) bed文件處理 (3) 峰在整個染色...
一、 基本介紹 exomePeak2使用bam文件進行peak calling以及peak統(tǒng)計，它整合了meRIP-seq數(shù)據(jù)分析的常規(guī)分析內(nèi)容： 使用scanMeripB...
一、 基本介紹 IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因組瀏覽器。支持BAM、SAM、GOBY、VCF、PSL、BED、TD...
一、 基本介紹 rMATS是一款對RNA-Seq數(shù)據(jù)進行差異可變剪切分析的軟件。其通過rMATS統(tǒng)計模型對不同樣本（有生物學(xué)重復(fù)的）進行可變剪切事件的表達定量，然后以lik...
@jijitoutou ??
生信課程筆記7-基因區(qū)間和注釋資源Summary 1.Bioconductor注釋資源 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 人類的全基因組序列TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38...
沒遇到過這樣的問題呢
生信課程筆記7-基因區(qū)間和注釋資源Summary 1.Bioconductor注釋資源 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 人類的全基因組序列TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38...
一、 基本介紹 VCF格式（Variant Call Format）是存儲變異位點的標(biāo)準格式，用于記錄variants（SNP / InDel）。BCF是VCF的二進制文件...
一、 基本介紹 deeptools是基于Python開發(fā)的一套工具，用于處理諸如RNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq、ATAC-seq等高通量數(shù)據(jù)。工具分為...
一、 基本介紹 HOMER（Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment），用于Motif的發(fā)現(xiàn)與查找。homer軟件找m...
一、 基本介紹 ※ 峰識別（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（適用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（針對于ATAC-seq...
一、 基本介紹 Salmon是一款新的、極快的轉(zhuǎn)錄組計數(shù)軟件。它與Kallisto和Sailfish類似，可以不通過mapping而獲得基因的counts值。Salmon的...
一、 基本介紹 (1) DNA-seq和RNA-seq 基因組測序（DNA-seq）和轉(zhuǎn)錄組測序（mRNA-seq）的區(qū)別在于，真核生物的RNA經(jīng)過剪接后，序列與DNA序列...
一、 基本介紹 (1) 關(guān)于PCR重復(fù)的問題 RNA-seq一般不去重復(fù)（起始量高，擴增數(shù)少；某些RNA表達量很高，導(dǎo)致該基因的reads的比對很可能出現(xiàn)一致的情況） Ch...
一、 基本介紹 StringTie是一個轉(zhuǎn)錄組組裝定量軟件。StringTie利用了最優(yōu)化算法中研究比較多的網(wǎng)絡(luò)流算法，并且兼顧從頭組裝方法，來將這些復(fù)雜的數(shù)據(jù)組裝成為轉(zhuǎn)錄...
一、 基本介紹 HISAT2 是一款利用改進的BWT算法進行序列比對的軟件。由約翰霍普金斯大學(xué)計算生物學(xué)中心（CCB at JHU）開發(fā)，是TopHat的升級版本，速度提高...
