一、 基本介紹

IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因組瀏覽器。支持BAM、SAM、GOBY、VCF、PSL、BED、TDF等格式。

目前支持的格式包括：

• 序列比對(duì)：bam、cram
• 基因組注釋：bed、gtf、gff3、psl、bigbed
• 信號(hào)數(shù)據(jù)：wig、bedgraph、bigwig、tdf
• 拷貝數(shù)：seg

二、 使用方法

(1) 安裝IGV

安裝IGV注意事項(xiàng)：不要安裝在有空格的文件夾下；IGV需要java，可以先安裝java在默認(rèn)位置，然后安裝IGV。

(2) 導(dǎo)入文件

• 導(dǎo)入?yún)⒖蓟蚪Mfa文件（Genomes -> Load Genomes From Files），一定要是fa文件?？赡苄枰饕簊amtools faidx input.fa。
• 導(dǎo)入gtf注釋（Tools -> Run igvtools -> commond=sort, input file=gtf, Run ->> File -> Load from file ->> GO-index）。
• 導(dǎo)入bam或bw文件（File -> Load from File），bam一定要sort，同時(shí)在bam文件所在的目錄下一定要有bam文件對(duì)應(yīng)的.bai索引文件。
• 選擇感興趣的染色體，或者輸入感興趣的基因組位置（格式：染色體:起始位置-終止位置）。
• 修改顯示格式。在測序深度區(qū)域或者read覆蓋區(qū)域單擊右鍵，會(huì)彈出一個(gè)下拉菜單。右鍵單擊選擇Save image。

(3) 查看BAM文件

載入bam文件后會(huì)產(chǎn)生3個(gè)相關(guān)的tracks，一般情況下，前兩個(gè)tracks會(huì)自動(dòng)出現(xiàn)。這些設(shè)置可以通過右鍵進(jìn)行修改。

• Alignment track：顯示每個(gè)的reads的比對(duì)情況。
• Coverage track：顯示覆蓋率和測序深度。
• Splice Junction Track：提供一個(gè)可選的橫跨剪切位點(diǎn)（spanning splice junctions）的reads視圖。

※ Coverage Track：默認(rèn)情況下，IGV能動(dòng)態(tài)計(jì)算和顯示比對(duì)文件的覆蓋率和測序深度。當(dāng)IGV窗口放大到reads 可視化閾值大?。J(rèn)為30KB）時(shí)，這個(gè)track會(huì)以灰色條形圖顯示每個(gè)位點(diǎn)的測序深度。如果某核苷酸與參考序列不同（超過20% reads）時(shí)，IGV會(huì)標(biāo)出不同的顏色。A→綠色；C→藍(lán)色；G→橙色；T→紅色。將鼠標(biāo)懸停在你需要查看的位點(diǎn)處可以看到詳細(xì)的信息，右鍵可以復(fù)制。

※ Alignment Track：當(dāng)IGV窗口放大到30KB（默認(rèn)）時(shí)，就會(huì)顯示出各個(gè)reads的情況。當(dāng)窗口放大到一定程度時(shí)，IGV的窗口中心會(huì)出現(xiàn)一條線，再繼續(xù)放大，中心線會(huì)變?yōu)閮蓷l，剛好可以框住一個(gè)堿基。IGV使用reads透明度來表示其質(zhì)量。灰色表示和參考基因能比對(duì)上的reads。注意：那些透明或者白色的reads有著亮灰色邊框的其比對(duì)質(zhì)量（MQ）為0。

※ 結(jié)構(gòu)變異（Structural Variants）：IGV使用顏色和其他的標(biāo)記來顯示變異，如SNP、SV、aneuploidy。紫色（I）：插入，鼠標(biāo)懸空在此處能顯示插入的堿基信息。黑色橫線（-）：缺失。

可通過 View >>Preferences >>Alignments 面板設(shè)置相關(guān)參數(shù)。默認(rèn)情況下 Track Alignments 區(qū)以緊湊的單個(gè) reads 的形式展示，通過 View as pairs 可成對(duì)顯示，且中間以細(xì)線連接。Sort alignments by 可對(duì)Track區(qū)域進(jìn)行排序，如想返回最初結(jié)果則選擇 Re-pack alignments 即可。

(3) 查看BW和Bedgraph文件